二代測序分析散發(fā)性結(jié)直腸癌和息肉的基因突變.pdf

1、研究背景及目的：近幾年，遺傳學研究在揭示結(jié)直腸癌的病因和發(fā)病機制上取得了驚人的進展，到目前為止，已有519個基因和751個突變位點被認為與結(jié)直腸癌相關(guān)。但是國內(nèi)外研究比較多的基因大部分與家族遺傳性的結(jié)直腸癌相關(guān)，較少針對散發(fā)性結(jié)直腸癌，這與散發(fā)性結(jié)直腸癌的發(fā)病機制復雜、受到的影響因素多以及相關(guān)的基因研究較少都有關(guān)系。本課題通過目標基因捕獲高通量測序技術(shù)檢測散發(fā)性腸癌及息肉的基因突變，旨在檢測出的突變位點中篩查出與二者高度相關(guān)的可能致病性

2、突變位點。
　　研究方法：本研究將樣品分為兩個系列，系列1中共收集了22例散發(fā)性腸癌及19例息肉的組織和全血樣品，分別提取DNA后采用定制的擴展的ColoNext芯片篩查芯片上129個基因的全部編碼序列。利用現(xiàn)有的多種基因突變數(shù)據(jù)庫，分析可能致病性突變位點及新發(fā)現(xiàn)突變位點。系列2的樣品中共收集了27例散發(fā)性腸癌、56例息肉的組織和全血樣品及20例正常對照組的全血樣品，分別提取DNA后進行PCR擴增。利用系列2樣品的DNA擴增產(chǎn)物對

3、上述在系列1中篩選出的可能致病性突變位點進行質(zhì)譜驗證。
　　結(jié)果：1.本研究在系列1樣品的芯片測序中共發(fā)現(xiàn)了102個突變位點，分別位于43個基因，其中大部分突變類型為錯義突變（66，64.71％），所有的突變位點中最常見的為APC突變位點（20/102）。所有的突變位點中共有22個致病性突變位點，20個可疑致病性突變位點，27個良性突變，12個可疑良性突變和21個意義不明突變。在致病性突變位點中大部分位點位于APC（17/22，7

4、7.3%），22個位點中有9個位點為新發(fā)現(xiàn)突變位點，并且攜帶有APC突變位點的腸癌患者診斷年齡（55.0±17.3歲）明顯早于沒有APC突變的患者（70.5±7.6歲）（P＝0.03）。2.在系列2樣品中驗證的新發(fā)現(xiàn)的65個驗證位點中有17個位點在系列2的樣品中重復出現(xiàn)，其中有3個位點只在腸癌樣品中檢測到，而在息肉和正常人中均未發(fā)現(xiàn)。
　　結(jié)論：1.在結(jié)直腸癌及息肉樣品里最常見的突變基因均為APC，且APC突變位點多為致病性突變；