草菇線粒體基因組組裝拼接與多態(tài)性研究.pdf

1、本研究利用生物信息學(xué)拼接軟件Velvet和Codoncode Aligner對草菇V23-8線粒體基因組的測序reads數(shù)據(jù)進(jìn)行了組裝拼接。組裝結(jié)果得到五個(gè)片段,分別為contig4,contig5v,conti3,contig2,contigl,后又利用Primer Premier5.0軟件設(shè)計(jì)四對引物L(fēng)11-1,L12-1,L13,L14對草菇V23-8的mtDNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增、測序、驗(yàn)證后,將五條片段進(jìn)行連接得到一條長度為約65

2、Kb的片段。
　　 選取了24個(gè)不同草菇菌株進(jìn)行了初步的研究。根據(jù)線粒體基因組拼接序列自行設(shè)計(jì)17對非編碼區(qū)引物,利用設(shè)計(jì)的引物對提取的24株草菇mtDNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增檢測,將圖形資料轉(zhuǎn)換成數(shù)據(jù)資料后,運(yùn)用DPS軟件采用Jaccard聚類距離中的類平均法(UPGMA)進(jìn)行0.1數(shù)據(jù)系統(tǒng)聚類分析,得到系統(tǒng)聚類圖。結(jié)果顯示24個(gè)草菇菌株間的相異系數(shù)范圍在0-0.83之間,在D=0.55的相異系數(shù)水平上,24個(gè)草菇菌株可以分為7類,

3、其中包括4個(gè)復(fù)合類群和3個(gè)單獨(dú)類別。從而確立了這種mtDNA分子標(biāo)記和形態(tài)學(xué)分類、DNA分子標(biāo)記相結(jié)合來鑒定草菇菌株遺傳距離遠(yuǎn)近的鑒別方法,
　　 由線粒體基因組多態(tài)性結(jié)果選取兩個(gè)親緣關(guān)系較遠(yuǎn)的菌株,其單孢配對接觸融合后,細(xì)胞核向雙親菌落雙向遷移。在不同部位取菌塊,提取mtDNA并進(jìn)行驗(yàn)證,得到一對核DNA相同、而mtDNA不同的雜交種。對這兩個(gè)雜交種菌株出菇,通過測量農(nóng)藝性狀指標(biāo)(菌絲濃密度、現(xiàn)蕾天數(shù)、蛋形期菌柄性狀、產(chǎn)量)等