芥菜型油菜葉綠體基因組DNA多態(tài)性研究.pdf

1、芥菜型油菜是十字花科蕓薹屬的異源四倍體種，具有抗旱、抗寒、耐貧瘠等特點;主要分布于我國的西部地區(qū)，栽培歷史悠久，資源豐富。葉綠體基因組因其分子量小、非重組性、高度保守性、單親遺傳等特點，在揭示物種起源進(jìn)化、闡述生物多樣性等方面意義重大?；谌~綠體基因組高度保守的特性，在具備有效參考序列的前提下，本研究采用Illumina測序技術(shù)，對來源廣泛的芥菜型油菜材料進(jìn)行高通量測序，用Sanger測序驗證變異頻率的可靠性，并篩選部分基因?qū)ζ涠鄳B(tài)性進(jìn)

2、行研究，所獲結(jié)果如下:
　　1、對葉綠體的分離方法及條件進(jìn)行優(yōu)化，以大規(guī)模提取DNA。主要對以下操作進(jìn)行了優(yōu)化:在葉綠體的分離過程中增加了200g離心2 min的操作，該操作可以離掉細(xì)胞壁碎片和細(xì)胞核顆粒，省去了用percoll梯度離心。還用DTT替代了與它作用相似的β-巰基乙醇，刺激性氣味更小、毒性更低，該方法操作簡單，既降低了實驗成本，又提高了純度和產(chǎn)量。
　　2、Illumina測序技術(shù)發(fā)掘葉綠體基因組DNA的多態(tài)性。

3、通過對1549份芥菜型油菜材料的葉綠體基因組進(jìn)行混樣測序（每50份為一個混樣池，共31個），在2％的變異頻率之上，共找到變異位點573個，其中位于基因間隔區(qū)的有199個，基因上的有374個，且這374個變異位點集中于31個葉綠體基因。
　　3、利用Sanger測序技術(shù)驗證Illumina測序結(jié)果的可靠性。通過對變異頻率為2％-3％、6％-7％、20％、4％-23％、8％、10％、12％-15％等不同變異頻率分別篩選合適的區(qū)段進(jìn)行S

4、anger測序驗證，發(fā)現(xiàn)Illumina測序結(jié)果的可靠性在12％以上;淘汰了諸多不可靠的變異頻率對應(yīng)的的變異位點，為后續(xù)的研究奠定了基礎(chǔ)，也為后來的研究提供了參考。
　　4、葉綠體基因rps19及一個基因間隔區(qū)的多態(tài)性分析。利用Sanger測序技術(shù)從不同省份篩選的96份材料中，rps19基因只在來自英國的材料1490中有4個變異位點，可能在長期的地理隔離中發(fā)生了進(jìn)化。在基因間隔區(qū)，有52份材料具有兩個相同的變異位點，分別為位點64