microRNA在肝內(nèi)膽管癌中的作用機(jī)制研究.pdf

1、肝內(nèi)膽管癌(Intrahepatic cholangiocarcinoma，ICC)系指起源于肝內(nèi)二級(jí)以上膽管被覆上皮的一種原發(fā)性肝癌。近二十年間，全球范圍內(nèi)ICC的發(fā)病率和死亡率均顯著升高，更重要的是，ICC發(fā)病率最高的區(qū)域在泰國(guó)及東亞其它地區(qū)。microRNA是一類很重要的調(diào)控基因，通過(guò)作用于mRNA使其降解和翻譯抑制導(dǎo)致基因（mRNA）沉默。近年來(lái)，microRNA被廣泛用于腫瘤的研究中，是提早發(fā)現(xiàn)癌變的關(guān)鍵性因素。本文目的在于通

2、過(guò)生物統(tǒng)計(jì)的方法，找出某些ICC的影響因子，為人類疾病的預(yù)防和個(gè)性化治療提供理論支持。
　　本文使用GEO網(wǎng)站上的一套ICC芯片數(shù)據(jù)（GSE32958）。首先根據(jù)配對(duì)原則，處理數(shù)據(jù)得到顯著（p<0.05）上調(diào)或下調(diào)的microRNA調(diào)控基因的關(guān)系，也即靶向關(guān)系；接著進(jìn)行Pearson相關(guān)性分析，選取顯著相關(guān)（p<0.05）的靶向相關(guān)性關(guān)系。接下來(lái)是建立加權(quán)共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)（WGCNA）獲得靶基因模塊，使用相關(guān)矩陣數(shù)據(jù)得到基因網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)的鄰

3、接函數(shù)，計(jì)算所有不同節(jié)點(diǎn)的差異系數(shù)，然后構(gòu)建分層聚類系統(tǒng)樹(shù)(hierarchical clustering tree)，設(shè)定閾值找出靶基因模塊。最后選取秩號(hào)為1（即包含最多靶基因）的模塊使用DAVID軟件進(jìn)行Fisher精確檢驗(yàn)來(lái)得出與ICC顯著相關(guān)的因子。最終得到106個(gè)在統(tǒng)計(jì)上顯著富集的GO term（即功能類別），以及5條與ICC顯著相關(guān)的KEGG pathway（通路）。
　　在已有相關(guān)文獻(xiàn)報(bào)道中進(jìn)行驗(yàn)證，發(fā)現(xiàn) Focal