Ⅰ：牛5個(gè)基因的分離、克隆、SNP檢測(cè)及其與生產(chǎn)性狀的關(guān)聯(lián)分析;Ⅱ：豬肉質(zhì)性狀QTL檢測(cè).pdf

1、第一部分，隨著牛基因組圖譜的公布和分子生物學(xué)技術(shù)的飛速發(fā)展，從分子水平進(jìn)行動(dòng)物育種成為可能，選擇方式由只利用表型信息的最佳線性無偏預(yù)測(cè)(BLUP)傳統(tǒng)育種方式逐步向結(jié)合標(biāo)記信息的標(biāo)記輔助選擇(MAS)、基因組選擇(GS)的分子育種方式發(fā)展，標(biāo)記的類型也由最初的生化標(biāo)記發(fā)展到單核苷酸多態(tài)，研究所選基因的效應(yīng)也成為熱點(diǎn)。動(dòng)物的生長和肉質(zhì)與脂肪的積累有密切的關(guān)系，本研究利用生物信息學(xué)和分子生物學(xué)相結(jié)合的方法，分離和克隆了牛的5個(gè)基因，獲得了相

2、關(guān)信息，取得了如下結(jié)果： 1、以人的cDNA為查詢序列，從GenBank中搜索牛的同源EST，根據(jù)EST拼接成的連接群(contig)或人的cDNA設(shè)計(jì)引物，從牛的基因組中分離了5個(gè)基因的部分或全長片段。這5個(gè)基因分別為：?；Ｄ?(AMAC1)、乙酰輔酶A酰基轉(zhuǎn)移酶1(ACAA1)、乙酰輔酶A?；D(zhuǎn)移酶2(ACAA2)、?；o酶A脫氫酶家族8(ACAD8)和酰基輔酶A脫氫酶，C-4至C-12直鏈(ACADM)。

3、 2、采用RT-PCR和RACE技術(shù)，獲得了AMAC1，ACAA1、ACAA2、ACAD8和ACADM的cDNA全長序列，推導(dǎo)了相應(yīng)的氨基酸序列，并與相近的物種進(jìn)行了比較。這5個(gè)cDNA序列已遞交到GenBank，登錄號(hào)分別為：EU025856，EF576938，EF583004，DQ435444和EU009460。 3、采用PCR-RFLP和AS-PCR方法檢測(cè)了AMAC1，ACAA1、ACAA2、ACAD8和ACADM等5個(gè)

4、基因共7個(gè)SNP，分析了各個(gè)SNP在不同品種中的基因頻率和分布差異。 4、用通用線性模型對(duì)所發(fā)現(xiàn)的SNP與生產(chǎn)性狀進(jìn)行了關(guān)聯(lián)分析，結(jié)果發(fā)現(xiàn)：AMAC1基因C201T位點(diǎn)和C291T位點(diǎn)，ACADM基因A2009G位點(diǎn)沒有發(fā)現(xiàn)與生產(chǎn)性狀有關(guān)聯(lián)(P＞0.05)；ACAA1基因A1066G位點(diǎn)與眼肌面積有關(guān)聯(lián)(P＜0.05)，AA型最高，AG型次之，GG型最低，AA型與GG型差異顯著(P＜0.05)；ACAA1基因A1452G位點(diǎn)與眼

5、肌面積有關(guān)聯(lián)(P＜0.05)，GG型最高，AG型次之，AA型最低，GG型與AA型、AG型與AA型差異顯著(P＜0.05)；ACAA2基因A33119G位點(diǎn)與日增重和眼肌面積有關(guān)聯(lián)(P＜0.05)，AG型的日增重顯著高于AA型(P＜0.05)，AA型和AG型的日增重即顯著高于GG型(P＜0.01)，AG型和AA型眼肌面積差異不顯著(P＞0.05)，但都顯著低于GG型(P＜0.05)；ACAD8基因A13408G位點(diǎn)與日增重和嫩度有關(guān)聯(lián)(P

6、＜0.05)，3種基因型間日增重和嫩度均兩兩顯著(P＜0.05)，日增重最高為GG型，AG型次之，AA型最低，嫩度則相反，AA型最高，AG型次之，GG型最低。 第二部分，肉質(zhì)性狀，特別是感官性狀，雖沒有一個(gè)非常清晰的經(jīng)濟(jì)價(jià)值，但消費(fèi)者的消費(fèi)傾向和肉的風(fēng)味卻與之密切相關(guān)，成為育種目標(biāo)的重要組成部分。本研究利用12個(gè)家系5000多頭長白、大白和杜洛克三元雜交的商業(yè)群體，采用方差組分分析方法對(duì)6個(gè)肉質(zhì)性狀進(jìn)行了QTL連鎖分析。497個(gè)S

7、NP標(biāo)記用來構(gòu)建連鎖圖譜，平均間隔5.48cM。連鎖分析結(jié)果表明：在5％染色體水平上共檢測(cè)到37個(gè)影響肉質(zhì)性狀的QTL，其中5個(gè)QTL影響DRIP，9個(gè)QTL影響L*，5個(gè)QTL影響PHI，6個(gè)QTL影響PHK，8個(gè)QTL影響a*，4個(gè)QTL影響b*；其中12個(gè)QTL在5％基因組水平上顯著。大多數(shù)QTL能夠解釋表型方差的1-2％，有4個(gè)QTL解釋的表型方差大于4％，分別為SSC2上影響DRIP的QTL，SSC6上影響PHI的QTL、SS