豬肉質(zhì)性狀三個(gè)候選基因的SNPs檢測(cè).pdf

1、本研究以莆田黑豬和國(guó)壽黑豬作為試驗(yàn)材料,設(shè)計(jì)了15對(duì)引物,通過PCR-SSCP技術(shù)在試驗(yàn)群體中對(duì)豬H-FABP、A-FABP和AMPD1基因的部分外顯子中進(jìn)行了多態(tài)性篩選。對(duì)SSCP分析結(jié)果中的每種純合子基因型進(jìn)行測(cè)序,從而進(jìn)一步確定各多態(tài)位點(diǎn)存在及變異情況,結(jié)果表明:
　　 (1)經(jīng)過SSCP檢測(cè),結(jié)果只在H-FABP基因的三個(gè)位點(diǎn)找到多態(tài)性,其余的位點(diǎn)均未找到多態(tài)性。莆田黑豬在H-FABP基因的5'-調(diào)控區(qū)檢測(cè)出AA、BB和

2、AB三種基因型,而國(guó)壽黑豬只有AA和AB兩種。擴(kuò)增的外顯子2中國(guó)壽黑豬有CC、DD和CD三種基因型,莆田黑豬有DD和CD兩種。外顯子4處莆田黑豬有EE、FF和EF三種基因型,而在國(guó)壽黑豬中檢測(cè)到EE、EF、EG及FG四種基因型。
　　 (2)莆田黑豬在5'-調(diào)控區(qū)、外顯子2處屬于中度多態(tài)(0.25＜P＜0.5),外顯子4為低度多態(tài)(P＜0.25)。國(guó)壽黑豬在5'-調(diào)控區(qū)、外顯子4處屬于中度多態(tài),外顯子2為低度多態(tài)。Hardy-W

3、einberg平衡適合性檢驗(yàn)結(jié)果表明:兩個(gè)豬種在5'-調(diào)控區(qū)、外顯子2中均處于非平衡狀態(tài)(P＜0.01)。在外顯子4處莆田黑豬處于Hardy-Weinberg平衡狀態(tài)(P＞0.05),而國(guó)壽黑豬處于非平衡狀態(tài)(P＜0.01)。
　　 (3)測(cè)序結(jié)果表明,在5'-調(diào)控區(qū)AA、BB型的第6bp和第15bp都檢測(cè)到堿基A和T的缺失,在第103bp都發(fā)生C→T的突變。AA型中第7bp和11bp分別發(fā)生G→T和C→A的突變。外顯子2的CC

4、型第2bp處出現(xiàn)A→C的突變,第62bp、65bp都是T→C的突變,推導(dǎo)氨基酸序列發(fā)現(xiàn)第一個(gè)氨基酸是由組氨酸(His)轉(zhuǎn)變成脯氨酸(Pro),第21和22個(gè)都是異亮氨酸(lle)轉(zhuǎn)變成蘇氨酸(Thr)。外顯子4中每一個(gè)基因型變異堿基數(shù)都達(dá)到80個(gè)以上。
　　 (4)將莆田黑豬和國(guó)壽黑豬H-FABP基因外顯子2的核苷酸序列與GenBank中野豬、牦牛、驢、人、大鼠、雞和斑馬魚等7個(gè)物種的核苷酸序列進(jìn)行同源比對(duì),分別存在0、3、8、