脆性X綜合征致病基因FMR1第9內(nèi)含子區(qū)又一個(gè)新型隱匿外顯子及其鑒定.pdf

1、脆性X綜合征（fragile X syndrome, FXS）是一種常見(jiàn)的遺傳性智力低下疾病。其致病基因FMR1（fragile X mental retardation1 gene）位于染色體X27.3，目前報(bào)道有17個(gè)外顯子和16個(gè)內(nèi)含子，長(zhǎng)38kb。研究表明，F(xiàn)MR1基因存在多種剪接方式，主要發(fā)生于外顯子12、14、15和17上。剪接方式的多樣性導(dǎo)致剪接異構(gòu)體（splice isoform）的產(chǎn)生，而各種剪接異構(gòu)體的功能尚有待研究

2、。鑒于FXS較高的發(fā)病率和臨床表現(xiàn)的復(fù)雜性，研究FMR1基因可變剪接可全面研究FMRP蛋白的功能，從而為闡明FXS的發(fā)病機(jī)制提供新的研究方向。
　　之前在一名疑似FXS病人的FMR1基因剪接產(chǎn)物外顯子9和10之間發(fā)現(xiàn)有一46bp的插入片段（NG_007529:24065-24111），經(jīng)比對(duì)確認(rèn)其為FMR1基因內(nèi)含子9的部分片段并證實(shí)為一新型隱匿外顯子(crypticexon)。為研究此隱匿外顯子是否也存在于正常人中，采用克隆-測(cè)

3、序技術(shù)，從RNA途徑分析人FMR1基因的可變剪接表達(dá)。在其中一份正常人外周血 RT-PCR產(chǎn)物的53個(gè) T克隆的測(cè)序結(jié)果中，發(fā)現(xiàn)4個(gè)T克隆均有140bp大小的插入片段（NG_007529:21452-21591），經(jīng)比對(duì)發(fā)現(xiàn)其也為內(nèi)含子9的一部分，且在46bp片段的上游。
　　針對(duì)新發(fā)現(xiàn)的140bp片段的剪接方式，本研究利用生物信息學(xué)技術(shù)對(duì)FMR1基因內(nèi)含子9序列進(jìn)行剪接信號(hào)相關(guān)分析，結(jié)果顯示：該片段上下游具有四個(gè)經(jīng)典的剪接信號(hào),

4、可能為另一新的隱匿外顯子。同時(shí)我們利用DAM AM軟件對(duì)多物種FMR1基因進(jìn)行序列比對(duì)。結(jié)果顯示：在獼猴、黑猩猩、蘇門達(dá)臘猩猩的同源基因中具有相似的基因序列，但位置各有不同且個(gè)別堿基略有差別，而與人親緣性不高的大鼠及小鼠基因組則無(wú)相似的同源序列。
　　根據(jù)之前被發(fā)現(xiàn)且已證實(shí)為新型隱匿外顯子的46bp片段，推測(cè)其可能與上游的140bp片段在剪接過(guò)程中同時(shí)保留下來(lái)，產(chǎn)生兩類新的含有140bp片段的剪接產(chǎn)物，即140bp片段單獨(dú)保留和1

5、40bp片段與46bp片段共同保留（186bp）的剪接產(chǎn)物。為鑒定140bp外顯子及兩類新型剪接產(chǎn)物的存在，分別用巢式PCR和雜種小基因剪接實(shí)驗(yàn)對(duì)其進(jìn)行驗(yàn)證。結(jié)果顯示，正常人外周血cDNA中普遍存在140bp和186bp插入片段，且5種組織即外周血（淋巴細(xì)胞）、甲狀腺組織、腦組織、子宮組織、胎盤組織cDNA中同樣存在這兩種插入片段。雜種小基因剪接實(shí)驗(yàn)也證明存在這兩種剪接形式。
　　本研究在前面研究基礎(chǔ)上又發(fā)現(xiàn)一個(gè)新型隱匿外顯子和兩