Y220C突變影響p53C蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性的分子機(jī)理與抑制劑篩選.pdf

1、p53是迄今發(fā)現(xiàn)的突變頻率最高的一種腫瘤抑制蛋白質(zhì)，其對(duì)癌癥的發(fā)生和發(fā)展有著重要的影響。p53的突變會(huì)導(dǎo)致其抑癌功能喪失，從而誘導(dǎo)癌癥的發(fā)生。大約1/3的突變體是結(jié)構(gòu)突變體，其中 Y220C是研究較多的一種突變體。該突變會(huì)加劇 p53蛋白質(zhì)變性而發(fā)生聚集。本文首先利用分子動(dòng)力學(xué)(MD)模擬方法研究了 p53C蛋白質(zhì)突變體 Y220C（p53C-Y220C）的結(jié)構(gòu)變化，發(fā)現(xiàn)雖然p53C-Y220C整體穩(wěn)定性與野生型p53C差異不大，但Y2

2、20C突變會(huì)造成突變體周?chē)腨220C cluster區(qū)域穩(wěn)定性降低。進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn)，Y220C突變會(huì)導(dǎo)致該蛋白質(zhì)分子內(nèi)氫鍵數(shù)目降低，從而破壞Y220C cluster的原有的Beta-折疊結(jié)構(gòu)，進(jìn)而降低該蛋白質(zhì)的穩(wěn)定性。MD模擬結(jié)果揭示了Y220C突變對(duì)p53核心結(jié)構(gòu)域造成的結(jié)構(gòu)影響，為恢復(fù) Y220C突變體高效穩(wěn)定劑的篩選和設(shè)計(jì)奠定了堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ)。
　　為了獲得該突變體的穩(wěn)定劑，本文依次利用利賓斯基5原則和分子對(duì)接從DrugBa

3、nk4.0數(shù)據(jù)庫(kù)中篩選獲得了3個(gè)潛在的穩(wěn)定劑分子。然后利用全原子MD模擬進(jìn)一步驗(yàn)證這3個(gè)分子和目標(biāo)蛋白質(zhì)之間的親和作用。結(jié)果發(fā)現(xiàn)只有他克林能夠緊密結(jié)合到 Y220C突變所形成的疏水空腔之中。進(jìn)一步分析表明，他克林和目標(biāo)蛋白質(zhì)之間的主要作用力為疏水和靜電相互作用，其中疏水相互作用占主導(dǎo)地位。他克林分別與目標(biāo)蛋白質(zhì)的殘基Leu145，Asp228和Val147形成3個(gè)氫鍵。并基于MD模擬軌跡詳細(xì)分析了他克林與p53突變體Y220C的結(jié)合過(guò)程