蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)功能模塊發(fā)現(xiàn)的幾種社區(qū)發(fā)現(xiàn)算法的比較分析.pdf

1、近年來，復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)理論和系統(tǒng)生物學(xué)等復(fù)雜科學(xué)理論和技術(shù)迅猛發(fā)展。利用復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)方法研究大規(guī)模生物分子網(wǎng)絡(luò)，特別是蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)中的功能模塊問題得到各領(lǐng)域科研工作者的大量關(guān)注。大量研究成果表明，蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)中存在功能模塊。許多研究者利用復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)理論提出了一些社區(qū)發(fā)現(xiàn)算法來發(fā)現(xiàn)蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)中的功能模塊。
　　本文將主要比較分析幾種社區(qū)發(fā)現(xiàn)算法在蛋白質(zhì)相互網(wǎng)絡(luò)中的應(yīng)用的性能。首先利用MIPS生物數(shù)據(jù)庫和科研文獻構(gòu)建了酵母菌蛋

2、白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)，并分析其復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)的無標度性和平均聚集系數(shù)，發(fā)現(xiàn)酵母菌蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)度分布滿足P(k)∝ k?1.536，同時其平均聚集系數(shù)要比同等規(guī)模的隨機網(wǎng)絡(luò)的平均聚集系數(shù)要大得多，這些都暗示酵母菌蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)中蘊含著社團結(jié)構(gòu)。然后介紹了基于聚合或分裂思想、模塊度優(yōu)化思想、信息流思想、譜聚類思想和隨機游走思想的六種社區(qū)發(fā)現(xiàn)算法。再結(jié)合酵母菌蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)功能模塊數(shù)據(jù)應(yīng)用這六種算法，發(fā)現(xiàn)這些算法中有過度學(xué)習(xí)問題，實際的功