蛋白質相互作用網絡功能模塊發(fā)現的幾種社區(qū)發(fā)現算法的比較分析.pdf

1、近年來，復雜網絡理論和系統(tǒng)生物學等復雜科學理論和技術迅猛發(fā)展。利用復雜網絡方法研究大規(guī)模生物分子網絡，特別是蛋白質相互作用網絡中的功能模塊問題得到各領域科研工作者的大量關注。大量研究成果表明，蛋白質相互作用網絡中存在功能模塊。許多研究者利用復雜網絡理論提出了一些社區(qū)發(fā)現算法來發(fā)現蛋白質相互作用網絡中的功能模塊。
　　本文將主要比較分析幾種社區(qū)發(fā)現算法在蛋白質相互網絡中的應用的性能。首先利用MIPS生物數據庫和科研文獻構建了酵母菌蛋

2、白質相互作用網絡，并分析其復雜網絡的無標度性和平均聚集系數，發(fā)現酵母菌蛋白質相互作用網絡度分布滿足P(k)∝ k?1.536，同時其平均聚集系數要比同等規(guī)模的隨機網絡的平均聚集系數要大得多，這些都暗示酵母菌蛋白質相互作用網絡中蘊含著社團結構。然后介紹了基于聚合或分裂思想、模塊度優(yōu)化思想、信息流思想、譜聚類思想和隨機游走思想的六種社區(qū)發(fā)現算法。再結合酵母菌蛋白質相互作用網絡功能模塊數據應用這六種算法，發(fā)現這些算法中有過度學習問題，實際的功