蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)中致病基因預(yù)測算法研究.pdf

1、預(yù)測致病基因?qū)τ诩膊〉念A(yù)防、診斷和治療具有至關(guān)重要的作用。研宄致病基因及其相應(yīng)疾病之間的關(guān)系已然成為系統(tǒng)生物學(xué)的重要課題?；虮磉_(dá)是通過DNA控制蛋白質(zhì)的合成來實(shí)現(xiàn)的。隨著蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)日益豐富，從蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)中預(yù)測致病基因成為生物信息學(xué)方面的研究熱點(diǎn)。
　　本文基于蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)，分析了整個(gè)蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)中的拓?fù)湎嗨菩裕瑢膊”硇拖嗨凭W(wǎng)絡(luò)以及已知的基因-表型關(guān)系進(jìn)行了研宄，總結(jié)了現(xiàn)有的致病基因預(yù)測方法研宄成果，

2、并針對其中存在的不足，提出了有效的致病基因預(yù)測算法。
　　在現(xiàn)有的致病基因預(yù)測算法中，大部分都基于蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)對候選的致病基因進(jìn)行預(yù)測。本文提出了一種新的致病基因預(yù)測算法一RWRHN算法，通過計(jì)算蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的拓?fù)湎嗨菩?，連接相似性高的基因重建網(wǎng)絡(luò)，然后融合疾病表型相似性網(wǎng)絡(luò)隨機(jī)游走預(yù)測致病基因。實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明，RWRHN算法比其他算法在預(yù)測候選致病基因中具備更好的穩(wěn)定性和精確度。由此說明結(jié)合蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的拓?fù)湎嗨?/p>

3、性，對候選致病基因具有重要意義。
　　蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)通常存在較高的假陽性和假陰性，為進(jìn)一步提高預(yù)測致病基因的精確度，提出了一種基于可靠異構(gòu)網(wǎng)絡(luò)的致病基因預(yù)測方法一MDTS算法。MDTS算法通過整合多種生物信息數(shù)據(jù)和網(wǎng)絡(luò)拓?fù)湎嗨菩灾亟ǖ鞍踪|(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)，并融合疾病表型相似性網(wǎng)絡(luò)和基因-表型關(guān)系構(gòu)建一個(gè)新的可靠的異構(gòu)網(wǎng)絡(luò)，然后在這個(gè)網(wǎng)絡(luò)上進(jìn)行隨機(jī)游走來預(yù)測候選致病基因。實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明，MDTS算法在交叉驗(yàn)證指標(biāo)中比其他方法有更多的成