基于蛋白質相互作用網絡拓撲結構的蛋白質功能模塊預測.pdf

1、蛋白質是生命活動的直接執(zhí)行者,參與生命的幾乎所有過程,如遺傳、發(fā)育、繁殖、物質和能量的代謝、應激等等。揭示生物體內成千上萬種蛋白質的具體功能、完成功能的機制等是蛋白質研究的核心內容,是后基因組時代生命科學研究重要領域。在破譯了基因序列的后基因組時代,隨著系統(tǒng)生物學實驗的快速發(fā)展,產生了大量的蛋白質相互作用數據,利用這些數據尋找功能模塊及預測蛋白質功能是蛋白質組學最富有挑戰(zhàn)性的問題之一。它的研究不僅可以直接闡明生命體在生理或病理條件下的變

2、化機制,而且對生物制藥、農業(yè)生物科技等應用領域同樣具有直接的指導作用。
　　本文在深入分析現有蛋白質功能預測方法的基礎上,對蛋白質功能預測問題進行了深入研究,提出了一種新的蛋白質功能預測模型,并進行了相應的實驗分析,取得了較好的結果。論文主要工作包括:
　　(1)總結了現有蛋白質功能預測技術。本文從蛋白質序列、結構與相互作用入手,系統(tǒng)分析了蛋白質功能預測研究現狀,歸納總結出了當前蛋白質功能預測所面臨的挑戰(zhàn)和困難,據此給出了本

3、學位論文的研究內容。
　　(2)提出一種更優(yōu)越的蛋白質功能路徑搜索方法,采用雙向路徑搜索,選取最優(yōu)路徑。與傳統(tǒng)的各類路徑搜索方法相比較,速度更快,對網絡拓撲結構挖掘更深入。并在酵母蛋白質網絡的測試中取得了證實。
　　(3)提出并實現了基于相互作用的蛋白質功能預測模型。蛋白質是通過與其他蛋白質直接或間接的相互作用執(zhí)行其功能的。據此本文提出了一種結合蛋白質相互作用與“小世界網絡”特性的蛋白質功能預測新模型。該模型將蛋白質相互作用