蛋白質(zhì)相互作用的序列模體對發(fā)現(xiàn)算法研究.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、中國科學(xué)技術(shù)大學(xué)碩士學(xué)位論文蛋白質(zhì)相互作用的序列模體對發(fā)現(xiàn)算法研究姓名：張弘申請學(xué)位級別：碩士專業(yè)：計(jì)算機(jī)軟件與理論指導(dǎo)教師：徐云20090501AbstractHighthroughputexperimentshavebeenproducingavastamountofprotein。proteminteractiondataProteininteractionnetworksthatconsistoftheseknownintera

2、ctionscanprovideinformationforpredictingmotifpairsHoweveLfindingmotifpairsfromproteininteractionnetworksisachallengingproblemHigh—throughputexperimentsproduceasignificantnumberofproteinproteininteractionsthatarefalseposi

3、tivesExperimentshavenotbeenperformedonmanyproteinpairs，leadingtofalsenegativesThesignificanceofinteractionsobservedinproteininteractionnetworksaredifferentfordifferentinteractionsbecallseproteinpairshavedifferentprobabil

4、itiestobepickedforperformingexperimentsComparedwithfindingmotifsfromCO—regulatedDNAsequences，fndingmotifpairsISmoredimcult，asitinvolvesfirstfindingagroupofproteinssharingsimilarfunctionsbeforeminingoverrepresentedpattern

5、sAsopposedtoaDNAsequence，whichconsistsoffournucleotides，aproteinconsistsof20aminoacidsThelargesearchspaceofmotifpmrsposesabigproblemcomputationallyWeproposedtwosolutionstotheproblemoffindinglinearmotifpairsfromlarge。scal

6、eDroteininteractionnetworksInfirstsolution，thesearchspaceofmotifinstancesislimitedtoasmallerscopeSOastoimprovetheefficiencyofthealgorithmsignificantlyMeanwhile，Weadopteda(1，d)motifmodelwithconsensusstringBasedonthismodel

7、wedesignedafastalgorithmConsistentVotingforsearchingmotifsinasubsetofproteinsExperimentsusingrealbiologicaldataandsimulateddatanotonlyverifytheeffectivenessandreliabilityoftheapproach，butalsodemonstratethatouralgorithmis

8、scalableInsecondsolution，closelyrelatedpairsofproteingroupsaregeneratedbyamultiplelayerincrementalclusteringmethodSincethecloselyrelatedpairsofproteingroupsareconsistedofproteinswithsimilarinteractingpartners，proteinsins

9、uchgroupsaremorelikelytocontaincommonmotifsMotifscanbedirectlyextractedbyexistingtoolsformotiffindingsuchasMEMEbeforecomposingmotifpairsInotherwords，thepreviousmotifpairfindingproblemistransfo衄edintotwosubproblems，aclass

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