內蒙古絨山羊角蛋白5(K5)基因啟動子多態(tài)性及其與絨毛性狀相關性.pdf

1、本研究以內蒙古絨山羊150只個體為材料，利用DNA測序和序列分析、生物信息學分析、SSCP技術，克隆和分析絨山羊K5基因啟動子區(qū)，并研究了K5基因啟動子的多態(tài)性。通過生物統(tǒng)計學軟件的應用，對一些絨毛性狀指標進行了統(tǒng)計分析，這些指標包括產絨量、毛長、毛細度、絨長、絨細度和絨厚度。對檢測的3個SNP位點進行了頻率、平衡性、遺傳多態(tài)性及其絨毛性狀的相關性進行統(tǒng)計分析。
　　試驗一：參考牛K5啟動子序列設計6對引物克隆絨山羊K5啟動子區(qū)4

2、671bp，并以20只絨山羊的混合DNA作為模板進行PCR擴增，PCR產物回收純化后進行雙向測序發(fā)現(xiàn)有三個多態(tài)位點，分別位于ATG-697bp，-2576bp和-2770bp處。分析絨山羊K5基因啟動子的結構，發(fā)現(xiàn)絨山羊K5基因啟動子ATG－101 bp位置是轉錄起始位點；兩個TATA盒分別位于ATG-129—-124 bp和-178—-174 bp位置；通過在線軟件預測發(fā)現(xiàn)(按5′→3′)有24種轉錄因子結合位點。其中，轉錄因子Lyf

3、-1和CDP CR是絨山羊特有的；轉錄因子HNF-4，AML-1a，HSF2，AP-4，AP2，SP1，Nkx-2和GATA-1在絨山羊、牛和人K5啟動子上的結合位點高度保守。另外，絨山羊和牛兩個最小增強子的位點在相同位置，分別位于ATG-138—-89 bp和-114—-65 bp位置，含有26 bp重疊區(qū)。發(fā)現(xiàn)突變位點后再一次進行序列分析發(fā)現(xiàn)在ATG-697bp處G→A突變后預測出轉錄因子HSF2結合位點，-2576bp處C→A突變

4、導致GATA-3轉錄因子結合位點的出現(xiàn)，－2770bp處突變沒有預測出任何轉錄因子結合位點。
　　試驗二：以150只內蒙古絨山羊為研究對象，對K5基因啟動子采用SSCP方法進行多態(tài)型檢測。結果表明：(1)K5啟動子P1引物(-697bp處)沒有出現(xiàn)多態(tài)。P2引物擴增片段中存在－2509(G/A)和－2576(C/A)2個SNP位點，表現(xiàn)為AA、BB、CC、AB、AC、BC和CD7種基因型，其基因型頻率分別為49.3％、1.3%、5

5、.3%、19.3%、15.3%、7.3%和1.3%。經χ2檢驗后，該等位基因頻率不處于哈迪溫伯格平衡(P<0.05)，多態(tài)信息含量(PIC)為0.5039，屬與高度多態(tài)(PIC>0.5)。(2)1個 SNP多態(tài)位點在 P3引物擴增片斷中，位置在在ATG上游－2770(G/A)，表現(xiàn)為AA、AG、和GG3種基因型，其基因型頻率大小為：AA>AG>GG。經χ2檢驗后，內蒙古絨山羊群體在該位點未達到哈迪溫伯格平衡態(tài)(P<0.05)，多態(tài)信息含

6、量(PIC)為0.3333,屬與中度多態(tài)(0.250.05)。(2)P3引物之間的3種基因型(AA、AG和GG)多態(tài)性，對絨毛性狀都沒有顯著的影響(P>0.05)。因此K5基因啟動子－2509(G/A)和－2576(C/A)2個SN