雞miRNA種子區(qū)多態(tài)位點篩選與miR-1657組織表達(dá)譜構(gòu)建.pdf

1、本研究的主要目的是篩選雞miRNAs種子區(qū)的SNPs，并分析其SNPs對雞經(jīng)濟(jì)性狀的影響，及miRNA在雞的不同組織中的表達(dá)規(guī)律。本研究采用生物信息學(xué)方法篩選出雞miRNAs種子區(qū)的SNPs。以河南省家禽資源創(chuàng)新工程研究中心構(gòu)建的固始雞-安卡雞F2代資源群的860個基因組DNA為研究材料，結(jié)合混合DNA池和基因組測序及PCR-RFLP的方法篩選在資源群中存在的miRNAs種子區(qū)的SNPs，并與資源群體的肉質(zhì)性狀、生長性狀和屠體性狀等經(jīng)濟(jì)

2、性狀及血液生化指標(biāo)進(jìn)行關(guān)聯(lián)性分析;同時進(jìn)行了各突變位點對其顯著相關(guān)性狀的加性效應(yīng)與顯性效應(yīng)研究，進(jìn)而選擇對群體表型性狀有顯著影響的miRNAs-seed-SNP。用熒光定量PCR檢測目的miRNA與宿主基因在固始雞的不同發(fā)育階段不同組織中的特異性表達(dá)情況，并構(gòu)建miRNA過表達(dá)載體，為miRNA的功能研究提供基礎(chǔ)。
　　本研究主要得到如下結(jié)果:
　　1、結(jié)合在線軟件預(yù)測及生物信息學(xué)分析，得到8個位于miRNAs種子區(qū)的突變。

3、
　　2、在固始雞-安卡雞F2代資源群體中檢測到3個突變位點，分別是gga-miR-1644(+3T＞C)，gga-miR-1614-3p(+5 G＞A)和gga-miR-1657(+6 G＞A)。群體遺傳學(xué)分析，顯示+3 T＞C位點在該資源群中不屬于多態(tài)位點(PIC＜0.1)。gga-miR-1614-3p(+5 G＞A)和gga-miR-1657(+6 G＞A)與家系群體的肉質(zhì)性狀、生長性狀和屠體性狀等經(jīng)濟(jì)性狀及血液生化指標(biāo)的

4、關(guān)聯(lián)分析結(jié)果表明，+6 G＞A位點分別與家系2和8周體重，12周脛圍，12周體斜長及4周骨盆寬及胸肌區(qū)域、胸肌縱橫比、胸肌飽滿度比率之間差異顯著(P＜0.05)，與4、6、10、12周齡體重及胸肌長度之間差異極顯著（P＜0.01）。+5 G＞A位點只與肉質(zhì)性狀如胸肌剪切值、腿肌失水率(P＜0.05)和腹脂重（P＜0.01）顯著相關(guān)，和屠體性狀如翅重、肝臟重和心臟重顯著相關(guān)(P＜0.05)。+6 G＞A位點與體重和肉質(zhì)性狀及大部分的屠體性

5、狀的加性效應(yīng)顯著(P＜0.05)。
　　3、miR-1657及其宿主基因Rab38在固始雞2周齡和36周齡不同組織中的差異表達(dá)分析結(jié)果表明:miR-1657在空腸、腺胃、大腦、心臟、肌胃、下丘腦、胸肌、和肺臟中的表達(dá)量2周齡顯著高于36周齡(P＜0.05)，在下丘腦的相對表達(dá)量最高，組織特異性最強(qiáng)。宿主基因Rab38在腎臟中的表達(dá)量2周齡顯著高于36周齡(P＜0.05)，而且Rab38在下丘腦、空腸、腺胃、心臟和腿肌中的表達(dá)趨勢與