中國(guó)野桑蠶線粒體基因組研究.pdf

1、西南農(nóng)業(yè)大學(xué)碩士學(xué)位論文中國(guó)野桑蠶線粒體基因組研究姓名：夏玉玲申請(qǐng)學(xué)位級(jí)別：碩士專業(yè)：特種經(jīng)濟(jì)動(dòng)物飼養(yǎng)指導(dǎo)教師：魯成2003.5.1(2)酶切圖譜：用15種限制酶酶切獲得52個(gè)位點(diǎn)，其中有24個(gè)TaqI和1個(gè)Pstl酶切位點(diǎn)與日本野桑蠶希I“夏芳”比較有較大的數(shù)目多態(tài)性和睦度多態(tài)性。(3)突變的比較：與日本野桑蠶比較，有23個(gè)編碼基因序列發(fā)生了突變，共349個(gè)突變位點(diǎn)，其中非編碼區(qū)占277個(gè)。與“夏芳”比較，有25個(gè)編碼基因序列發(fā)生了突

2、變。共285個(gè)突變位點(diǎn)，其中非編碼區(qū)136個(gè)突變。與日本野桑蠶和“夏芳”的轉(zhuǎn)換／顛換分別為I93和l84。(t)核苷酸的組成及堿基使用偏好性：基因組的堿基組成位于中等，AT含舒較高。、4中國(guó)野桑蠶mtDNA中各類基因的分析，，(1)蛋白質(zhì)編碼基因：共編碼了13個(gè)疏水蛋白質(zhì)，3715個(gè)氨基酸。5個(gè)起始子為ATG，，7個(gè)ATA，1個(gè)不明：12個(gè)終止子為TAA，1個(gè)不明。非極性氨基酸占主導(dǎo)地位，其次是極性不帶電的氨基酸。編碼線粒體DNA的基因

3、時(shí)存在較大的AT偏好性，且更偏好使用T堿基。密碼子的各位置組成中T和A含量較高G和C含量較低。(2)tRNA的組成及二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)：中國(guó)野桑蠶線粒體DNA序列與所比較的其他物種有所不同，包含了24個(gè)tRNA，有3個(gè)tRNASer，2個(gè)tRNA—lle和2個(gè)tffNA—Leu，其他17種tRNA都只有～個(gè)，并推測(cè)出各種二級(jí)結(jié)構(gòu)。有17對(duì)堿基錯(cuò)配，3對(duì)難以匹配，還有1種有四個(gè)莖環(huán)結(jié)構(gòu)的tRNA(見(jiàn)圖13)。大多數(shù)密碼子序列與相應(yīng)的反密碼子不完

4、全匹配(3)rRNA基因及其二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)：有大小兩個(gè)rRNA，LrRNA和SrRNA，其長(zhǎng)度分別是1350bp和784bp。這兩個(gè)基因與家蠶蛾科的其它各序列相比相似性最高，其次是果蠅和蚊子與人的相似性較低。在自由能最低時(shí)，LrRNA基因二級(jí)結(jié)構(gòu)有68個(gè)主干和69個(gè)環(huán)狀結(jié)構(gòu)組成：SrRNA基因二級(jí)結(jié)構(gòu)有9個(gè)主干和10個(gè)環(huán)狀結(jié)構(gòu)組成。j一。5中國(guó)野桑蠶線粒體基因組的系統(tǒng)分析。f(1)基于COl部分基因的系統(tǒng)分析發(fā)現(xiàn)：日本野桑蠶聚為一類，再與

5、中國(guó)安康地區(qū)野桑蠶和韓國(guó)野桑蠶聚為一類。中國(guó)鎮(zhèn)江的野桑蠶與家蠶品種C108聚在一起。其他家蠶品種聚為一類。(2)基于線粒體基因組和基因的基因樹(shù)構(gòu)建與分析發(fā)現(xiàn)：分別對(duì)6個(gè)材料(4個(gè)家蠶品種和2個(gè)野桑蠶)的線粒體基因組全序列、13個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因、2個(gè)rRNA基因和1個(gè)非編碼區(qū)(即^T富集區(qū))進(jìn)行了分析，井用NJ法構(gòu)建了基因樹(shù)。從構(gòu)建的基因樹(shù)中可知，COl、COII、ATPase8、AT富集區(qū)、NDI、ND3、ND4L、ND5、COIII、

6、ATPase6的基因樹(shù)與全基因組的系統(tǒng)樹(shù)樹(shù)型基本一致。但在家蠶中也存在品種間的差異：在基因樹(shù)中還有一些基因，如cytb、ND2、ND4、ND6、LrRNA和SrRNA中野桑蠶雨f家蠶之間進(jìn)化規(guī)律不太清楚。由此而知，從線粒體角度可以證明家蠶與中國(guó)野桑蠶親緣關(guān)系較近由于線粒體基因的遺傳具有母性遺傳的特點(diǎn)，又由于野桑蠶只受自然環(huán)境作用家蠶品種受自然選擇和人工選擇的雙重作用從而系統(tǒng)演化過(guò)程表現(xiàn)出一定的差異。j；j7。1關(guān)溉罵辮掣猷m—tDNA，