水稻實(shí)驗(yàn)RNA組學(xué)：snoRNA的大規(guī)模篩選及結(jié)構(gòu)與功能分析.pdf

1、該論文采用本實(shí)驗(yàn)室建立的一種新的實(shí)驗(yàn)RNA組學(xué)方法—錨定引物法,以水稻幼芽為研究材料,分別運(yùn)用oligodT引物和特異引物CDdT16與ACAdT16構(gòu)建了3個(gè)不同的cDNA文庫.測序分析表明,采用特異引物構(gòu)建文庫可以使某一類snoRNA相對富集;文庫中含有高豐度的rRNA克隆,需采用有效的篩選技術(shù),才能提高測序效率.在該實(shí)驗(yàn)室創(chuàng)建的PCR產(chǎn)物點(diǎn)陣膜雜交篩選技術(shù)的基礎(chǔ)上,對其在植物cDNA文庫篩選中的應(yīng)用條件進(jìn)行了優(yōu)化,篩選后測序結(jié)果表

2、明,snoRNA以及ncRNA候選序列的測出比例大大提高,而rRNA的測出比例明顯降低,說明該論文中采用的雜交篩選技術(shù)可有效篩出文庫中的重復(fù)克隆,使測序效率得到明顯改善.結(jié)果表明,運(yùn)用錨定引物法構(gòu)建cDNA文庫以及PCR點(diǎn)陣膜雜交篩選技術(shù)可有效分離和鑒定snoRNA新基因,該研究鑒定了大批水稻snoRNA的新種類,同時(shí)也獲得大量ncRNA候選序列,為植物ncRNA的深入研究奠定了基礎(chǔ).對兩大類snoRNA的結(jié)構(gòu)與功能分析表明,大多數(shù)sn

3、oRNA具有指導(dǎo)rRNA轉(zhuǎn)錄后修飾的功能,少數(shù)snoRNA可指導(dǎo)snRNA的轉(zhuǎn)錄后修飾,另有部分snoRNA是目前功能未知的新種類,說明植物snoRNA的種類及功能遠(yuǎn)比想象的復(fù)雜,其結(jié)構(gòu)與功能的研究,對最終闡明snoRNA在生物新陳代謝中的調(diào)控作用以及揭示snoRNA基因的起源與進(jìn)化具有重要意義.對鑒定自水稻的29種新的box C/D snoRNA和26種新的box H/ACA snoRNA進(jìn)行基因組織分析表明,大部分snoRNA在水稻