豬偽狂犬病病毒蛋白激酶基因的克隆和生物信息學(xué)分析.pdf

1、將四川農(nóng)業(yè)大學(xué)動物生物技術(shù)中心保存Fa株、疫苗株783株、Bartha株和SA215株，四川野毒株SN株、SS株、SQ株、SL株和SCZ株，以及由韶關(guān)學(xué)院英東生物工程學(xué)院婁高明教授惠贈的北京株BJ株、廣東株DG、湖北株HS株共計12株偽狂犬病病毒株，應(yīng)用PCR技術(shù)擴增得到了PRV完整的PK基因的片段12條?；厥誔CR產(chǎn)物，成功連接轉(zhuǎn)化到感受態(tài)細胞E.coliDH5a中。并通過菌落PCR和酶切鑒定正確后，送生物公司進行測序。 將所

2、的12條序列連同GenBank中登錄的6條PK基因全序列共18條基因序列，使用生物軟件對它們的基因序列的同源性、突變區(qū)域的定位、遺傳進化關(guān)系、酶切位點的差異、密碼子偏愛性，氨基酸序列的同源性、蛋白質(zhì)親水性、抗原表位分析、二級結(jié)構(gòu)、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)功能域等生物信息學(xué)的內(nèi)容進行預(yù)測和分析。同時，對皰疹病毒屬的單純皰疹病毒Ⅰ型、單純皰疹病毒Ⅱ型、牛皰疹病毒Ⅰ型、馬皰疹病毒Ⅰ型以及水痘帶狀皰疹病毒進行PK基因的同源性和結(jié)構(gòu)功能域的分析。 結(jié)果

3、表明：PRV-PK基因的開放閱讀框的核苷酸長度在1107～1170nt，氨基酸長度在369～390個之間，核酸同源性為96.7％～100％，氨基酸的同源性在73.9％～100％之間，在PK基因核酸序列1079～1099bp和240～250bp處有兩個高變重復(fù)區(qū)，不同毒株基因均對GC極為偏愛。毒株間基因內(nèi)酶切位點、蛋白質(zhì)親水性、抗原表位和蛋白質(zhì)高級結(jié)構(gòu)預(yù)測等內(nèi)容的分析結(jié)果十分相似，說明PRV-PK基因具有很高的保守性。皰疹病毒的核苷酸同源