山羊Agouti基因內(nèi)含子3變異在不同毛色群體中分布研究.pdf

1、本試驗(yàn)根據(jù)GenBank上已發(fā)表的綿羊(EU185099)Agouti基因序列進(jìn)行設(shè)計(jì)引物,擴(kuò)增山羊Agouti基因3’UTR區(qū),測(cè)序結(jié)果表明該片斷的長(zhǎng)度為190bp。對(duì)山羊Agouti基因內(nèi)含子3測(cè)序分析發(fā)現(xiàn)四個(gè)gA4756C、gC4971T、gA5344G和g.AGG5124-5125變異位點(diǎn),并對(duì)這四個(gè)變異位點(diǎn)進(jìn)行分析。研究發(fā)現(xiàn)這4個(gè)突變位點(diǎn)共有6種單倍型,分別為ACAA(71-31％)、ATBG(13.11%)、CTBG(7.3

2、8%)、ATAA(4.92%)、ATAG(1.64%)、CTAG(0.82%)。在濟(jì)寧青山羊(青灰色)、遼寧絨山羊(白色)、雷州黑山羊(黑色)山羊中單倍型幾乎都為ACAA,但是在南江黃羊快長(zhǎng)系(棕褐色)山羊中有不同的單倍型。因此,推測(cè)這些突變位點(diǎn)可能在山羊毛色形成過程中發(fā)揮一定作用。
　　 在山羊Agouti基因內(nèi)含子3上g.A4756C位點(diǎn)發(fā)現(xiàn)了兩個(gè)等位基因A和C,青灰色(濟(jì)寧青山羊)、白色(遼寧絨山羊)和黑色(雷州黑山羊)為

3、主的山羊品種中有較高頻率的等位基因A。棕色山羊(南江黃羊快長(zhǎng)系)A等位基因的頻率為54.69%,其三種基因型分布比較平均。分析表明辱A4756C的C等位基因可能與控制山羊棕色表型的位點(diǎn)存在連鎖關(guān)系,CC基因型為與棕色被毛相關(guān)的基因型。
　　 在山羊Agouti基因內(nèi)含子區(qū)g.C4971T位點(diǎn)也發(fā)現(xiàn)了兩個(gè)等位基因C和T,濟(jì)寧青山羊(JN)中C等位基因的頻率為98.33%;雷州黑山羊(LH)C等位基因的頻率為93.33%,遼寧絨山羊

4、(LR)中C等位基因的頻率為100.00%,南江黃羊快長(zhǎng)系(NK)中T等位基因的頻率為100.00%,全部為TT基因型。分析表明g.C4971T的T等位基因可能與控制山羊棕色表型的位點(diǎn)存在連鎖關(guān)系,TT基因型為與棕色被毛相關(guān)的基因型。
　　 在山羊Agouti基因內(nèi)含子3上g.A5344G位點(diǎn)發(fā)現(xiàn)了兩個(gè)等位基因A和G,其中A等位基因在濟(jì)寧青山羊、雷州黑山羊和遼寧絨山羊中占優(yōu)勢(shì),等位基因頻率分別為:100.00%、96.67%、1

5、00.00%,但從基因型上看,濟(jì)寧青山羊和遼寧絨山羊中全部為AA基因型,雷州黑山羊中AA基因型占絕對(duì)優(yōu)勢(shì),只有南江黃羊快長(zhǎng)系中有GG基因型并且占絕對(duì)優(yōu)勢(shì)。分析表明g.A5344G的G等位基因可能與控制山羊棕色表型的位點(diǎn)存在連鎖關(guān)系,GG基因型為與棕色被毛相關(guān)的基因型。
　　 在山羊Agouti基因內(nèi)含子3中g(shù).AGG5124-5125插入位點(diǎn)發(fā)現(xiàn)了兩個(gè)等位基因A(非插入AGG堿基)和B(插入AGG堿基)。其中A等位基因在濟(jì)寧青山

6、羊、雷州黑山羊和遼寧絨山羊中占優(yōu)勢(shì),等位基因頻率分別為:98.33%、90.00%、96.67%,但從基因型上看,濟(jì)寧青山羊和遼寧絨山羊中全部為AA和AB基因型,雷州黑山羊中三種基因型都有,在這三個(gè)山羊品種中AA基因型占絕對(duì)優(yōu)勢(shì),在南江黃羊快長(zhǎng)系中BB(71.87%)基因型占絕對(duì)優(yōu)勢(shì)。由此我們推測(cè)g.AGG5124-5125插入位點(diǎn)的B等位基因可能與控制山羊棕色表型的位點(diǎn)存在連鎖關(guān)系,BB基因型為與棕色被毛相關(guān)的基因型。
　　

7、經(jīng)單倍型分析,發(fā)現(xiàn)ACAA(71.31%)、ATBG(13.11%)、CTBG(7.38%)、ATAA(4.92%)、ATAG(1.64%)、CTAG(0.82%)六種單倍型。在濟(jì)寧青山羊(青灰色系)和遼寧絨山羊(白色系)兩個(gè)品種中,幾乎所有個(gè)體的單倍型為ACAA,CTBG的單倍型占少數(shù),但是在雷州黑山羊(黑色系)和南江黃羊快長(zhǎng)系(棕色系)的品種中有不同的單倍型,推測(cè)CTBG的單倍型可能與棕色表型相關(guān)。
　　 聚類結(jié)果表明4個(gè)地

8、方山羊品種分為兩類,第一類為具有棕色毛色表型位基因的南江黃羊快長(zhǎng)系,第二類為具有黑色、灰色以及白色等位基因的濟(jì)寧青山羊、遼寧絨山羊和雷州黑山羊。經(jīng)過和毛色相關(guān)分析表明,在這4個(gè)地方山羊品種中,A4756C、g.C4971T、g.A5344G和g.AGG5124-5125這四個(gè)位點(diǎn)的突變和山羊的毛色有顯著性的相關(guān)。本試驗(yàn)的聚類結(jié)果反映了4個(gè)不同地方山羊品種在Agouti基因A4756C、g.C4971T、g.A5344G和g.AGG512