基于表達(dá)數(shù)據(jù)的家蠶啟動(dòng)子鑒定分析.pdf

1、啟動(dòng)予是基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控的重要元件，決定了mRNA的時(shí)空轉(zhuǎn)錄，從而實(shí)現(xiàn)生物的有序分化發(fā)育過(guò)程。研究啟動(dòng)子的結(jié)構(gòu)和功能，對(duì)于基因表達(dá)模式、基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)等方面十分重要。由于啟動(dòng)子的重要生物學(xué)作用，如何從基因中快速準(zhǔn)確地識(shí)別出啟動(dòng)子，發(fā)現(xiàn)其中包含的信息，已成為功能基因組時(shí)代重要課題之一。本研究基于家蠶基因組精細(xì)圖序列數(shù)據(jù)、家蠶全長(zhǎng)cDNA序列數(shù)據(jù)以及家蠶5齡3天的基因表達(dá)數(shù)據(jù)，在基因組水平上鑒定了部分基因的啟動(dòng)子序列，預(yù)測(cè)并分析了精巢特異性基因的

2、啟動(dòng)子上的共有基序(motif)。獲得的主要研究結(jié)果如下：
　　 1.鑒定了1341個(gè)啟動(dòng)子序列
　　 采用BLAST方法比對(duì)全長(zhǎng)cDNA序列和基因組預(yù)測(cè)基因，分析發(fā)現(xiàn)3137個(gè)注釋基因具有對(duì)應(yīng)全長(zhǎng)cDNA。應(yīng)用BLA工程序?qū)⑦@些對(duì)應(yīng)全長(zhǎng)cDNA比對(duì)基因組精細(xì)圖序列，獲得了1492個(gè)基因的候選啟動(dòng)子序列，743個(gè)位于正鏈，749個(gè)位于負(fù)鏈。轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)(TSS)分析顯示，TSS位點(diǎn)位于起始密碼子上游30000bp以?xún)?nèi)的啟

3、動(dòng)子共有1341個(gè)，這些啟動(dòng)子被用來(lái)分析啟動(dòng)子的結(jié)構(gòu)特征。
　　 2.分析了啟動(dòng)子的結(jié)構(gòu)特征
　　 參考Takai的經(jīng)典標(biāo)準(zhǔn)，我們?cè)?13個(gè)啟動(dòng)子中發(fā)現(xiàn)了cpG島。在P　　 3

4、.獲得了5個(gè)精巢特異啟動(dòng)子的特有順式元件
　　 芯片表達(dá)譜數(shù)據(jù)分析顯示，我們所鑒定到1341個(gè)啟動(dòng)子對(duì)應(yīng)的基因中有46個(gè)基因是在組織中特異表達(dá)，其中精巢，卵巢，中腸，馬氏管，頭部，絲腺，脂肪體特異表達(dá)的基因數(shù)目分別是23、6、6、4、3、1和1。進(jìn)一步分析了精巢特異表達(dá)基因的啟動(dòng)子的調(diào)控元件，獲得了10個(gè)高頻率基序(motif)。經(jīng)過(guò)對(duì)照組的調(diào)控元件特異性檢驗(yàn)，motif1，motif5，motif6，motif7，motif8