基于表達數(shù)據(jù)的家蠶啟動子鑒定分析.pdf

1、啟動予是基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控的重要元件，決定了mRNA的時空轉(zhuǎn)錄，從而實現(xiàn)生物的有序分化發(fā)育過程。研究啟動子的結構和功能，對于基因表達模式、基因調(diào)控網(wǎng)絡等方面十分重要。由于啟動子的重要生物學作用，如何從基因中快速準確地識別出啟動子，發(fā)現(xiàn)其中包含的信息，已成為功能基因組時代重要課題之一。本研究基于家蠶基因組精細圖序列數(shù)據(jù)、家蠶全長cDNA序列數(shù)據(jù)以及家蠶5齡3天的基因表達數(shù)據(jù)，在基因組水平上鑒定了部分基因的啟動子序列，預測并分析了精巢特異性基因的

2、啟動子上的共有基序(motif)。獲得的主要研究結果如下：
　　 1.鑒定了1341個啟動子序列
　　 采用BLAST方法比對全長cDNA序列和基因組預測基因，分析發(fā)現(xiàn)3137個注釋基因具有對應全長cDNA。應用BLA工程序?qū)⑦@些對應全長cDNA比對基因組精細圖序列，獲得了1492個基因的候選啟動子序列，743個位于正鏈，749個位于負鏈。轉(zhuǎn)錄起始位點(TSS)分析顯示，TSS位點位于起始密碼子上游30000bp以內(nèi)的啟

3、動子共有1341個，這些啟動子被用來分析啟動子的結構特征。
　　 2.分析了啟動子的結構特征
　　 參考Takai的經(jīng)典標準，我們在113個啟動子中發(fā)現(xiàn)了cpG島。在P　　 3

4、.獲得了5個精巢特異啟動子的特有順式元件
　　 芯片表達譜數(shù)據(jù)分析顯示，我們所鑒定到1341個啟動子對應的基因中有46個基因是在組織中特異表達，其中精巢，卵巢，中腸，馬氏管，頭部，絲腺，脂肪體特異表達的基因數(shù)目分別是23、6、6、4、3、1和1。進一步分析了精巢特異表達基因的啟動子的調(diào)控元件，獲得了10個高頻率基序(motif)。經(jīng)過對照組的調(diào)控元件特異性檢驗，motif1，motif5，motif6，motif7，motif8