Calpain切割修飾和蛋白質磷酸化綁定的生物信息學分析.pdf

1、蛋白質翻譯后修飾通過改變蛋白質的生化特性在許多細胞生理過程中發(fā)揮著舉足輕重的作用。然而現有的實驗技術水平有限以及相關數據不足導致僅有很少的幾種翻譯后修飾得到較為系統的研究分析。傳統的實驗方法，如定點突變，質譜分析，肽段文庫等常常需要耗費大量的時間和精力，從而嚴重制約了相關研究的進展。近年來，計算預測的方法在數據的前期分析以及靶位限制方面做出了巨大貢獻，為進一步的實驗驗證提供了有效地指導和幫助。在過去的三年里，我的主要研究工作是Calpa

2、in介導的切割修飾以及PBD依賴性的磷酸化綁定的生物信息學分析。大量的研究證實，這兩種蛋白質翻譯后修飾在許多細胞生理過程中發(fā)揮著重要作用，如基因表達調控，信號轉導以及細胞有絲分裂進程等。臨床分析表明修飾異常往往和疾病密切相關。
　　 本研究為識別具體的修飾位點深入探討了其分子機理，相繼開發(fā)了針對calpain切割位點預測的GPS-CCD 1.0和Plk磷酸化綁定以及磷酸化位點預測的GPS-Polo 1.0軟件。并且，我們用GPS

3、-CCD 1.0對一系列切割位點不明的calpain底物做了詳細的注釋。另外，我們利用GPS-Polo 1.0全面分析了真核細胞中磷酸化蛋白質組數據，并對Plks介導的磷酸化綁定以及磷酸化位點做了進一步注釋?；诘鞍踪|序列分析及體內體外的生化與細胞實驗有力地證明了Plk1和Mis18B存在相互作用，而磷酸化的T14和S48是PBD結構域綁定的位點，并且這種磷酸化綁定的結合方式促進了Mis18B的穩(wěn)定性。不僅如此，我們還系統地對潛在的Pl