GPI-PLD基因與酶蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的生物信息學(xué)分析.pdf

1、利用生物信息學(xué)技術(shù)，系統(tǒng)研究不同生物的GPI-PLD基因及其表達(dá)產(chǎn)物cDNA和蛋白質(zhì)的分布特點(diǎn)，重點(diǎn)分析人的基因及其酶蛋白的結(jié)構(gòu)。
　　搜索基因和蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)如IntEnz，Swiss-Prot ExPASy等，結(jié)合檢索相關(guān)論文數(shù)據(jù)庫(kù)如 MEDLINE，PROSITE Database等，獲得GPI-PLD(PLD1)的數(shù)據(jù)資料，利用網(wǎng)絡(luò)和研究基因與蛋白質(zhì)的相關(guān)軟件，如BLAST、MEGA5、ClustalX、PAUP、PHYLI

2、P等軟件，比對(duì)不同生物GPI-PLD基因的DNA序列、cDNA序列和蛋白質(zhì)序列，分析GPI-PLD基因的結(jié)構(gòu)特點(diǎn)，酶蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)特點(diǎn)，同源進(jìn)化樹等方面的內(nèi)容。
　　1.30余種生物存在GPI-PLD基因，它們都為脊椎動(dòng)物，人和猩猩該基因均定位在第6號(hào)染色體，人基因組GPI-PLD基因全長(zhǎng)70791bp，包括25個(gè)外顯子，24個(gè)內(nèi)含子。細(xì)菌沒有該基因。
　　2.分析18種（重點(diǎn)分析7種）生物的GPI-PLD DNA序列，發(fā)現(xiàn)人

3、與黑猩猩的同源性最高，人與雞的同源性最低。人GPI-PLD基因編碼區(qū)的堿基變異以單核苷酸多態(tài)性(SNPs)最常見。變異的類型主要涉及同義突變和錯(cuò)義突變。
　　3.20余種生物表達(dá)GPI-PLDmRNA(cDNA)或酶蛋白。涉及到骨髓、胰腺等器官，以及RAW-264.7、SW-742等細(xì)胞株。亞細(xì)胞器包括細(xì)胞質(zhì)膜、高爾基體和分泌囊泡等。人GPI-PLD cDNA全長(zhǎng)約2800 bp，人骨髓、胰腺和肝克隆的cDNA同源性超過(guò)95％。<

4、br>　　4.不同生物根據(jù)其基因推測(cè)的或經(jīng)實(shí)驗(yàn)證實(shí)的GPI-PLD酶分子均為一條多肽鏈，其長(zhǎng)短各不相同，同源進(jìn)化樹分析表明，人與海象進(jìn)化更近，而與白頰長(zhǎng)臂猿的進(jìn)化最遠(yuǎn)。
　　5.分析GPI-PLD酶分子，發(fā)現(xiàn)它既是糖蛋白也可被磷酸化修飾。酶分子中存在7個(gè)重復(fù)肽段，三個(gè)鈣結(jié)合位點(diǎn)，8個(gè)糖基化位點(diǎn)，還有鋅結(jié)合位點(diǎn)。
　　6.分泌性GPI-PLD在測(cè)定其酶活性時(shí)必須加離子去垢劑，其最適pH為pH5-pH8。蘇拉明、離子去垢劑等是該