自適應(yīng)演化及耐藥惡性瘧原蟲,妊娠相關(guān)瘧疾和基因型：9 年的成果來自queerpam 研究

1、翻譯：王國勝 1/8原文作者 原文作者： Steve M. TaylorMalcolm Molyneuxd,f, Feiko O. ter Kuileg,h, Stephen J. Rogersonc, Steven R. MeshnickaaDepartment of Epidemiology, Gillings School of Global Public Health, University of North Carolina,

2、 Chapel Hill, NC, USAbDivision of Infectious Diseases and International Health, Duke University Medical Center, Durham, NC, USAcDepartment of Medicine (RMH/WH), University of Melbourne, AustraliadMalawi–Liverpool–Wellcom

3、e Trust Clinical Research Programme, College of Medicine, Blantyre, MalawieDepartment of Community Health, College of Medicine, Blantyre, MalawifSchool of Tropical Medicine, University of Liverpool, UKgChild and Reproduc

4、tive Health Group, Liverpool School of Tropical Medicine, UKhDepartment of Infectious Diseases, Tropical Medicine, and AIDS, Academic Medical Center, University of Amsterdam, Netherlands感染、遺傳與進化 感染、遺傳與進化自適應(yīng)演化及耐藥惡性瘧原蟲，妊娠相

5、關(guān)瘧疾和 自適應(yīng)演化及耐藥惡性瘧原蟲，妊娠相關(guān)瘧疾和基因型： 基因型：9 年的成果來自 年的成果來自 QuEERPAM 研究 研究1.簡介 簡介妊娠相關(guān)瘧疾 (PAM) 可能每年會導(dǎo)致 20 萬嬰兒(凱蒂 et al.，2001 年)，它是影 響新生兒生命健康的可預(yù)防因素中最重要的一個。在撒哈拉以南非洲瘧疾流行 的地區(qū)，接受兩到三個療程的磺胺多辛-乙胺嘧啶 (SP)作為間歇預(yù)防性治療，能 夠降低產(chǎn)婦瘧疾、孕產(chǎn)婦貧血和低出生體重風(fēng)險 (v

6、an Eijk et al.,2004)。雖然抗 SP 惡性瘧原蟲株流行于整個撒哈拉以南非洲 (Sridaran et al.，2010 年)，但 SP 仍然一直可以有效地防止大多數(shù)不良分娩的的后果 (ter Kuile et al.，2007 年)。 瘧原蟲對 SP 的抗藥性與單核苷酸多態(tài)性 (SNPs) ，二氫 dhfr（dhfr）和喋 （dhps）合成酶在這種寄生蟲種群中的積累有關(guān)(皮科特 et al.2009)。這些突變 廣泛分

7、布在撒哈拉以南非洲 (Sridaran et al.，2010 年)；對受寄生蟲影響地區(qū)的 人類遺傳研究表明，其中大多數(shù)不源自重復(fù) 突變，而是來源于抗性單倍型的傳 播(羅珀等人，2004 年;麥加 et al.，2007;皮爾斯 et al.2009 年)。該研究討論了【Infection, Genetics and Evolution】關(guān)鍵字： 關(guān)鍵字：瘧疾、妊娠相關(guān)瘧疾、耐藥寄生蟲的進化 摘要： 摘要： 周效磺胺-乙胺嘧啶 (SP)

8、 已被廣泛用于控制非洲的瘧疾，而寄生蟲已對藥物產(chǎn)生抗藥性這一事實在分子層面上的證據(jù)也已確鑿無疑。然而人們對時間之于惡性瘧原蟲的選擇效應(yīng)還不是很清 楚。自 1997 年至 2006 年，我們在馬拉維布蘭太爾一家醫(yī)院通過調(diào)查孕婦的抗藥性，按照時間順序 斷層的方式進行了這項瘧疾的變化研究。惡性瘧原蟲的基因的特征在于其遺傳多樣性、耐藥突變和 選擇作用對產(chǎn)生這些突變基因的作用。五二氫葉酸還原酶和喋合成酶基因突變開始于 2005 年；高 度抗性的

9、SP-五級抗性突變體單倍體類型則從 19%增加到 100%。這些基因型在自然選擇中的優(yōu)勢 來自其與選擇系數(shù)的相關(guān)性：選擇對所有突變等位基因陽性、單倍型與 SP 五級抗性突變體單倍型的 相對適合度是 0.139(95%C.I.0.067 — — 為 0.211)，這明顯說明它在選擇中的有利地位。但是具有更 高水平抗性的抗 SP 的突變體并沒有出現(xiàn)。SP 抗性單倍型迅速擴散到整個 瘧原蟲種群，并感染了孕 婦；該基因型已經(jīng)廣泛分布于馬拉維地區(qū)

10、。這些結(jié)果說明了為懷孕采取新型預(yù)防措施的迫切需要。翻譯：王國勝 3/8將每個樣本中的三個樣品各自置于一個獨立性很 好的 96 孔板塑料盤中?；蚪M DNA (gDNA) 是用 一個真空多支管借助于 invitrogen Purelink 96 工 具包提取的。 目的基因 dhfr 和 dhps 生成于兩個分開的擴增反 應(yīng)；前者使用了 300nm 的探針 51- F(TGAGGTTTTTAATAACTACACATTTAGAGGTCT)，

11、500nm 的探針 164-R (TCGCTAACAGAAATAATTTGATACTCAT) 12.5μL 的 Qiagen HotStarTaq （美國 CA 瓦倫西亞的 Qiagen）和 來自一個 25μL 反應(yīng)的 5μL 的 gDNA。 后者用了 900 nm 的探針 437-F (TGAAATGATAAATGAAGGTGCTAGTGT)，300 毫 微米的探針 613-R (GTTGTGTATTTATTACAACATTTT

12、GATCATTC) ， 12.5μL 熱 StarTaq 和來自一個 25μL 反應(yīng)的 5μL 的 gDNA。循環(huán)條件都 是︰先為 95 ° C 15 m ×（94 ° C ─ 45 s，51 ° C ─ 45 s，72 ° C ─ 1 m) × 45，然后是 72 ° C ─ 10 m。Pfmdr1 基因位點的 測序則是利用來自一個 25μL 反應(yīng)的 5μL 的

13、gDNA 做的連鎖反應(yīng)擴增 pfmdr1 基因位點的 5’ 端的一個片段 (Vinayaket al.2010)。所有的反應(yīng) 都進行了或積極或消極的合適的控制。分離的各 部分反應(yīng)的方法被用于 gDNA 提取、反應(yīng)盤的制 備、 擴增碎片的分析以及過濾吸液管等，它被用 于所有的步驟。 我們?yōu)樽C實擴增產(chǎn)物，對 PCR 產(chǎn)物進行了電泳；譜帶出現(xiàn)于 500 bp，600 bp 或 500 bp 處，就分別證實了片段 dhfr、dhps 和 p

14、fmdr1 的生成。 PCR 產(chǎn)物雙向測序使用的是 ABI BigDye，它可用于在瓊脂糖凝膠上譜帶計數(shù)和 大小測量。它有兩個獨立的測量裝置，用以發(fā)現(xiàn)差異并進行綜合給出測量結(jié)果。 3.結(jié)果 結(jié)果3.1.人口和臨床數(shù)據(jù) 關(guān)于從 1997 年至 2005 年的總共 189 名婦女的完整的數(shù)據(jù)是可用的，其中每年 人數(shù)從 1997 年的 5 人到 2001 年和 2004 年的 42 人不等。整個研究過程中， 樣本的平均年齡一直維持在 21.4