南海黃鰭?cǎi)R面鲀(Thamnaconus hypargyreus)種群分析.pdf

1、黃鰭?cǎi)R面鲀(Thamnaconus hypargyreus)是具有較高經(jīng)濟(jì)價(jià)值的魚(yú)類(lèi)，曾是南海最大宗的高產(chǎn)魚(yú)種，是底拖網(wǎng)作業(yè)的主要捕撈對(duì)象。鲀形目(Tetraodontiformes)魚(yú)類(lèi)的分子系統(tǒng)學(xué)研究是國(guó)內(nèi)外關(guān)注的熱點(diǎn)，從種至目各分類(lèi)階元的系統(tǒng)發(fā)育研究中，多數(shù)是利用了部分或全部的線粒體基因組序列。為此，本研究通過(guò)設(shè)計(jì)15對(duì)引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增并測(cè)序，首次獲得了黃鰭?cǎi)R面鲀線粒體基因組DNA(Mitochondrial DNA,mtDNA

2、)全序列，并結(jié)合馬面鲀屬其它種類(lèi)的mtDNA進(jìn)行了線粒體全基因組水平的系統(tǒng)發(fā)育分析。
　　黃鰭?cǎi)R面鲀mtDNA基因組序列全長(zhǎng)16438bp，A+T含量為53.5％，其mtDNA由2個(gè)rRNA基因、13個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因、22個(gè)tRNA基因和1段786 bp非編碼的控制區(qū)(D-loop)所組成。除COⅠ起始密碼子為GTG以外，其余蛋白質(zhì)編碼基因均以ATG為起始密碼子。除了COⅡ,ND4和Cyt b使用不完全密碼子(T或TA)為終止密碼

3、子以外，其余均使用典型的終止密碼子TAA或TAG。除ND6和tRNAGln、tRNAAla、tRNAAsn、tRNACys、tRNATyr、tRNASer、tRNAGlu及tRNAPro在L-鏈上編碼之外，其余基因均在H-鏈編碼。基因排列順序與已測(cè)定的鲀類(lèi)相一致。tRNA基因核苷酸長(zhǎng)度為67~75 bp?；邝冃文烤€粒體基因組全序列構(gòu)建的進(jìn)化樹(shù)表明，黃鰭?cǎi)R面鲀、密斑馬面鲀(T.tessellatus)和綠鰭?cǎi)R面鲀(T.modestus)

4、聚成一個(gè)姊妹群。研究表明，黃鰭?cǎi)R面鲀線粒體基因組的組成、順序、編碼鏈的選擇、tRNA的結(jié)構(gòu)以及GC和AT偏斜等，都與典型的脊椎動(dòng)物線粒體相同，并且沒(méi)有發(fā)現(xiàn)重排和假基因?；隈R面鲀屬魚(yú)類(lèi)線粒體全序列構(gòu)建的進(jìn)化樹(shù)與形態(tài)學(xué)分類(lèi)的階元關(guān)系比較吻合，結(jié)果支持馬面鲀屬魚(yú)類(lèi)為一個(gè)單系類(lèi)群。本研究將為黃鰭?cǎi)R面鲀線粒體基因組的遺傳特點(diǎn)和物種多樣性的分析提供分子依據(jù)。
　　采用線粒體DNA編碼區(qū)細(xì)胞色素b(Cytochrome b，Cyt b)基因片

5、段為遺傳標(biāo)記，分析了南海北部陸架和南沙西南部陸架海域5個(gè)黃鰭?cǎi)R面鲀?nèi)后w的遺傳結(jié)構(gòu)，判定南海北部不同海域之間以及南海北部與南沙西南部陸架海域黃鰭?cǎi)R面鲀屬于同一個(gè)種群。結(jié)果表明，在156個(gè)個(gè)體的779 bp Cyt b同源序列中共檢測(cè)到56個(gè)變異位點(diǎn)和58種單倍型，5個(gè)群體間遺傳距離為0.00295~0.00415，遺傳分化性呈現(xiàn)出高單倍型多樣性(0.8201~0.9804)和低核苷酸多樣性(0.00262～0.00469)的特點(diǎn)；分子方差

6、分析和遺傳分化指數(shù)顯示黃鰭?cǎi)R面鲀的遺傳變異來(lái)自群體內(nèi)個(gè)體間，群體間無(wú)顯著遺傳分化；單倍型網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)圖和群體系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)(鄰接法NJ和最大簡(jiǎn)約法MP)結(jié)構(gòu)均未出現(xiàn)明顯的以地方群體為單位的家系式分支或者聚簇。
　　采用線粒體DNA非編碼區(qū)即D-loop區(qū)(Control region，CR)基因片段為遺傳標(biāo)記，同樣比較5個(gè)不同地理群體間的遺傳發(fā)育關(guān)系并結(jié)合種屬界定標(biāo)準(zhǔn)判定，南海北部和南沙西南部陸架5個(gè)黃鰭?cǎi)R面鲀?nèi)后w屬于同一個(gè)種群。分析結(jié)果

7、表明：在158個(gè)樣品的636 bp CR同源序列中共檢測(cè)到103個(gè)變異位點(diǎn)和91種單倍型，基于核苷酸Kimura雙參數(shù)替代模型計(jì)算得出的5個(gè)群體間遺傳距離為0.00744～0.01141，高單倍型多樣性(0.9419±0.0151)和相對(duì)較高核苷酸多樣性(0.0095±0.00506)的特點(diǎn)總體顯示其可能存在較高的遺傳多樣性；分子方差分析和遺傳分化指數(shù)顯示黃鰭?cǎi)R面鲀的遺傳變異來(lái)自群體內(nèi)個(gè)體間，群體間無(wú)顯著遺傳分化；單倍型網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)圖和群體