鵝脂蛋白脂酶基因外顯子4、5和6克隆及其序列分析研究.pdf

1、由脂肪細(xì)胞、心肌細(xì)胞、骨骼肌細(xì)胞、乳腺細(xì)胞和巨噬細(xì)胞等實(shí)質(zhì)細(xì)胞合成和分泌的脂蛋白脂酶(LPL)是一種?；视退饷?，在所有動(dòng)物體內(nèi)的脂類代謝和運(yùn)輸過程中起重要作用。本文主要對(duì)鵝LPL基因外顯子4、5、6和內(nèi)含子4、5、6序列進(jìn)行克隆并對(duì)其編碼蛋白質(zhì)殘基進(jìn)行分析研究，結(jié)果如下： 1.利用LPL基因外顯子的高保守性，參照雞的LPL基因序列，設(shè)計(jì)引物P和Q分別擴(kuò)增鵝LPL基因外顯子4至外顯子5和外顯子5至內(nèi)含子6片段。對(duì)擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行，

2、測序，依據(jù)外顯子和內(nèi)含子的gt-ag拼接規(guī)則，得到鵝LPL基因外顯子4、5和6的長度分別為112bp、234bp和243bp以及內(nèi)含子4、5和6的序列長度分別為：1526bp、187bp和1102bp，結(jié)果登錄在GenBank，ID：DQ105796和DQ105797。 2.利用DNAStar5.01軟件，分析鵝LPL基因外顯子4、5、6和內(nèi)含子4、5、6序列，與其它13個(gè)物種的LPL基因序列進(jìn)行同源性分析，結(jié)果顯示鵝與雞的同源

3、性最高(91.9％)，與其它物種的同源性在74％～78％之間；而內(nèi)含子同源性較低，差異很大。以外顯子4、5和6構(gòu)建核酸進(jìn)化樹，發(fā)現(xiàn)鵝雞較早地與哺乳類動(dòng)物分化開來；食草動(dòng)物和豬、靈長類以及食肉類動(dòng)物之間在分化上表現(xiàn)出明顯的特異性，每類之間分化明顯，而類內(nèi)則較為一致。 3.鵝LPL基因外顯子4、5和6編碼LPL蛋白質(zhì)中的196個(gè)氨基酸。分析該段蛋白質(zhì)的氨基酸組成，比較不同物種之間的氨基酸序列的同源性，結(jié)果表明：魚類最早分化，然后是鵝

4、雞、豬、鼠類和哺乳動(dòng)物的分化。分化越晚的物種，其氨基酸的同源性越高。 4.計(jì)算鵝LPL基因外顯子4、5和6的密碼子使用頻率，比較不同物種LPL基因外顯子4、5和6的密碼子使用策略，結(jié)果顯示不同的氨基酸在該區(qū)域采用不同的密碼子使用策略，Ala偏愛使用GCU，Arg使用CGC，His使用CAC，Leu使用CUC+CUG，Ser使用AGC，Val使用GUG，Thr使用ACC等，顯示出密碼子使用的非隨機(jī)性；比較分析結(jié)果顯示，鵝密碼子使用

5、策略與其它物種有明顯的區(qū)別，其中鵝與食肉類動(dòng)物(狗、貓和貂)的密碼子使用頻率的相似系數(shù)較低(小于0.36)，與人、牛、羊和狒狒的相似系數(shù)為0.4～0.5，與豬和鼠的相似系數(shù)為0.55～0.65，與雞的相似系數(shù)達(dá)0.839，表明雞鵝在該區(qū)域的密碼子使用策略相似。 5.分析該區(qū)域氨基酸的親水性、電荷密度分布和氨基酸特定區(qū)域位于蛋白質(zhì)表面的概率，結(jié)果顯示氨基酸殘基位于LPL表面的區(qū)域恰恰是親水性較強(qiáng)和電荷密度較高的區(qū)域，而表面概率較小