14921.三個(gè)封閉群實(shí)驗(yàn)兔遺傳多樣性研究

1、中國(guó)食品藥品檢定研究院碩士研究生學(xué)位論文碩士研究生學(xué)位論文三個(gè)封閉群實(shí)驗(yàn)兔遺傳多樣性研究三個(gè)封閉群實(shí)驗(yàn)兔遺傳多樣性研究姓名：名：申幸嬌申幸嬌學(xué)號(hào)：號(hào)：845030110010202專(zhuān)業(yè)：業(yè)：免疫學(xué)免疫學(xué)研究方向：研究方向：實(shí)驗(yàn)動(dòng)物遺傳質(zhì)量檢測(cè)實(shí)驗(yàn)動(dòng)物遺傳質(zhì)量檢測(cè)導(dǎo)師姓名：導(dǎo)師姓名：岳秉飛岳秉飛研究員研究員二零一三年二零一三年六月碩士研究生學(xué)位論文?中國(guó)食品藥品檢定研究院?2010級(jí)1中文摘要中文摘要封閉群實(shí)驗(yàn)兔遺傳背景復(fù)雜，遺傳檢測(cè)方法

2、尚未建立。傳統(tǒng)的遺傳標(biāo)記，如形態(tài)標(biāo)記，細(xì)胞學(xué)標(biāo)記，生化標(biāo)記，由于其本身的缺陷，在封閉群動(dòng)物質(zhì)量檢測(cè)評(píng)定上有很大的局限性。隨著基因分子生物學(xué)發(fā)展，分子標(biāo)記的優(yōu)勢(shì)在實(shí)驗(yàn)動(dòng)物遺傳質(zhì)量檢測(cè)中日益顯現(xiàn)。它可以從本質(zhì)上顯示生物個(gè)體之間DNA結(jié)構(gòu)差異，直接反應(yīng)DNA水平上基因多態(tài)性。分子標(biāo)記的挖掘和分子標(biāo)記庫(kù)的建立，為實(shí)驗(yàn)動(dòng)物遺傳監(jiān)控提供了更有利的手段。本課題從從線(xiàn)粒體Dloop區(qū)多態(tài)性及微衛(wèi)星DNA多態(tài)性?xún)蓚€(gè)方面開(kāi)展研究，利用DNA測(cè)序，序列比對(duì)分

3、析，微衛(wèi)星分型等方法探究目前我國(guó)常用實(shí)驗(yàn)兔DLoop序列特征及遺傳結(jié)構(gòu)特點(diǎn)，并篩查微衛(wèi)星標(biāo)記。一方面利用微衛(wèi)星標(biāo)記對(duì)實(shí)驗(yàn)兔群體進(jìn)行遺傳多樣性分析，另一方面為遺傳質(zhì)量控制標(biāo)記庫(kù)建立提供更多穩(wěn)定可靠的參考標(biāo)記位點(diǎn)。在線(xiàn)粒體DLoop區(qū)DNA多態(tài)性分析中，通過(guò)計(jì)算變異位點(diǎn)數(shù)、簡(jiǎn)約信息位點(diǎn)數(shù)、單倍型、單倍型多樣度、歧義度、核苷酸多樣度等遺傳信息，在71份樣品中，共檢測(cè)出了6個(gè)多態(tài)性位點(diǎn)，多為C→G突變，5個(gè)突變位點(diǎn)發(fā)生在5LR區(qū)同一位置；定義了

4、9種單倍型，且三個(gè)種群分別有各自單倍型，互不重疊。青紫藍(lán)兔有四種單倍型，包括H1（17）、H2（1）、H3（2）、H4（2）；新西蘭白兔有三種單倍型，包括H5（7）、H6（3）、H7（18）；日本大耳白兔有兩種單倍型，包括H8（1）、H9（20）。Dloop區(qū)是線(xiàn)粒體DNA的控制區(qū)，這一區(qū)域存在長(zhǎng)序列重復(fù)片段，在兔科動(dòng)物中多為5LR重復(fù)。本實(shí)驗(yàn)中，青紫藍(lán)兔22只全為5LR重復(fù)；新西蘭白兔5LR重復(fù)個(gè)體10只，4LR重復(fù)個(gè)體18只；日本大

5、耳白兔5LR重復(fù)個(gè)體20只，4LR重復(fù)個(gè)體1只。整體來(lái)看，三個(gè)種群Dloop區(qū)多態(tài)性及種群多樣性均偏低。在微衛(wèi)星位點(diǎn)篩查及遺傳多樣性分析中，共篩查出18個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)，分別統(tǒng)計(jì)了各個(gè)位點(diǎn)等位基因頻率，有效等位基因數(shù)，雜合度，F(xiàn)值。進(jìn)行了HardyWeinberg平衡（HWE）檢驗(yàn)，多態(tài)信息含量檢驗(yàn)，三個(gè)種群的遺傳距離分析。結(jié)果表明：日本大耳白兔平均等位基因觀測(cè)數(shù)為3.167，平均有效等位基因數(shù)為2.704；平均觀測(cè)雜合度為0.444，平均

6、期望雜合度為0.468；平均多態(tài)信息含量為0.410；在Sat13，INRCCDDV0088位點(diǎn)完全純和，這兩個(gè)位點(diǎn)可作為日本大耳白兔種群鑒別候選位點(diǎn)；在位點(diǎn)So144、INRCCDDV2016、INRCCDDV0344、6L2H3上HWE檢驗(yàn)P﹤0.05，顯著偏離HardyWeinberg平衡，但這四個(gè)位點(diǎn)多態(tài)信息含量0.3﹤PIC﹤0.8，屬中高度多態(tài)性。青紫藍(lán)兔平均等位基因觀測(cè)數(shù)為4.556，平均有效等位基因數(shù)為2.704；平均觀