四川部分地區(qū)PED和TGE分子流行病學(xué)調(diào)查及PEDV部分S基因變異分析.pdf

1、豬流行性腹瀉(Porcine epidemic diarrhea，PED)和豬傳染性胃腸炎(Transmissiblegastroenteriris of swine，TGE)分別由同屬于冠狀病毒科冠狀病毒屬的豬流行性腹瀉病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)和豬傳染性胃腸炎病毒(Transmissiblegastroenteritis virus of swine，TGEV)引起的以腹瀉、嘔吐

2、、脫水為特征，嚴(yán)重危害哺乳仔豬的兩種高度接觸性腸道傳染病。四川地區(qū)從2011年10月份開(kāi)始，在全省范圍內(nèi)爆發(fā)以仔豬水樣腹瀉，死亡率極高為特征的腹瀉疫情，給我省帶來(lái)了嚴(yán)重的經(jīng)濟(jì)損失。此次疫情中進(jìn)行了PEDV-TGEV二聯(lián)疫苗免疫的豬場(chǎng)也并無(wú)幸免。為了明確此次腹瀉疫情中的主要病毒病原分布情況、感染情況以及PEDV在此次腹瀉疫情中的變異情況，特開(kāi)展本研究。
　　本試驗(yàn)樣本采集于2011年10月至2012年4月、2012年10月至2013

3、年4月兩個(gè)時(shí)間段，包括四川省資陽(yáng)、廣元、攀枝花、成都等10個(gè)區(qū)域進(jìn)行腹瀉樣品采集工作，覆蓋了四川東部、西部、中部地區(qū)的大部分養(yǎng)豬區(qū)域。共收集腹瀉仔豬的糞便樣品和小腸組織樣品412份，利用實(shí)驗(yàn)室所建立的PEDV和TGEV RT-PCR檢測(cè)方法進(jìn)行分子流行病學(xué)調(diào)查。調(diào)查結(jié)果顯示，2011年10月至2012年4月時(shí)間段的186份病料中檢測(cè)出豬流行性腹瀉病毒陽(yáng)性82份、陽(yáng)性率為44.09％，豬傳染性胃腸炎病毒陽(yáng)性15份、陽(yáng)性率為8.06％，豬流

4、行性腹瀉和豬傳染性胃腸炎病毒混合感染7份、混合感染陽(yáng)性率為3.76％;2012年10月至2013年4月時(shí)間段的226份腹瀉病料進(jìn)行RT-PCR檢測(cè)，其中檢測(cè)出豬流行性腹瀉病毒陽(yáng)性118份、陽(yáng)性率為52.12％，豬傳染性胃腸炎病毒陽(yáng)性37份、陽(yáng)性率為16.37％，豬流行性腹瀉和豬傳染性胃腸炎病毒混合感染12份、混合感染陽(yáng)性率5.31％。結(jié)果表明，在四川省范圍內(nèi)發(fā)生的豬腹瀉疫情中PEDV為主要病毒病原，并發(fā)或者繼發(fā)感染TGEV。
　　

5、從PEDV檢測(cè)獲得的陽(yáng)性病料中擴(kuò)增得到15株P(guān)EDV部分S基因序列，分別連接到pM19-T載體，進(jìn)行克隆測(cè)序。測(cè)序結(jié)果顯示，獲得的部分S基因核苷酸長(zhǎng)度為651 bp，編碼217個(gè)氨基酸。將獲得的部分S基因序列與NCBI上下載的15條PEDV的S基因全基因序列進(jìn)行遺傳演化分析，本文研究表明四川地區(qū)獲得的陽(yáng)性PEDV毒株屬于同一分支，與國(guó)內(nèi)湖南、甘肅等地區(qū)最近幾年流行的毒株親緣關(guān)系較近，與韓國(guó)毒株親緣關(guān)系較近，與黑龍江、江蘇、河南等地區(qū)流行

6、的毒株親緣關(guān)系較遠(yuǎn)，與傳統(tǒng)使用的疫苗株 CV777親緣關(guān)系較遠(yuǎn)。15株陽(yáng)性PEDV毒株部分S基因的氨基酸同源性分析，四川地區(qū)克隆得到的15株陽(yáng)性PEDV毒株之間的親緣關(guān)系出現(xiàn)地域性差異，同一區(qū)域內(nèi)相似性較高，不同地區(qū)間差異性較大。與疫苗株(CV777)比較，氨基酸相似度僅為84.4％～88.3％。
　　通過(guò)此次流行病學(xué)調(diào)查，我們確定了四川地區(qū)這兩個(gè)時(shí)間段發(fā)生的腹瀉疫情以PEDV為主要病毒病原，并發(fā)或者繼發(fā)感染TGEV。通過(guò)部分S基