木霉菌進(jìn)化選擇壓力的比較基因組分析.pdf

1、木霉菌(Trichoderma)種類較多、品類繁雜，由于它們具有顯著的生物防治功能，被廣泛應(yīng)用于生物防治真菌。由于木霉菌的經(jīng)濟(jì)價(jià)值，有關(guān)木霉菌的功能和生物防治機(jī)制的研究很活躍。本研究針對(duì)鉤狀木霉菌Trichoderma hamatum的兩個(gè)新菌株YYH13和YYH16。它們?cè)谏锓乐魏屠w維素降解能力上都具有明顯的差異。與YYH16相比，YYH13具有更強(qiáng)的生物防治能力。為了尋找鉤狀木霉菌基因組中參與生物防治的基因，從而幫助理解鉤狀木霉的

2、生物防治機(jī)制，我們對(duì)YYH13和YYH16的基因組進(jìn)行了測(cè)序、組裝、基因注釋、和功能注釋。利用這些信息，我們進(jìn)一步尋找了鉤狀木霉基因組的基因組特異基因，展開了基因組的共線性，以及選擇壓力的分析。選擇壓力分析可以幫助尋找在進(jìn)化中與木霉菌適應(yīng)相關(guān)的基因。在基因的選擇壓力分析中，我們主要針對(duì)GH家族，找到了36個(gè)正選擇位點(diǎn)，其中YYH13中受到影響的正選擇基因有三個(gè)，而YYH16受到影響的正選擇基因只有一個(gè)。其中一個(gè)與生物防治相關(guān)的基因枯草芽