昆蟲基因組注釋方法改進(jìn)及兩種昆蟲基因組分析.pdf

1、I M P R O V E M E N T O F I N S E C T G E N O M EA N N O T A T I O N M E T H O D A N D A N A L Y S I S O F T W OI N S E C T G E N O M E SB yL I U J I N ．D I N GA D i s s e r t a t i o nS u b m i t t e d t ot h e G r a d

2、u a t e F a c u l t y o f N a n j i n gA g r i c u l t u r a lU n i v e r s i t y i nP a r t i a l F u l f i l l m e n to f t h eR e q u i r e m e n t s f o r t h e D e g r e e o f D o c t o r o f P h i l o s o p h yS u

3、p e r v i s e d b yP r o f e s s o r F e i L iC o m p l e t e d i nD e c e m b e r 2 0 1 4C o l l e g eo f A g r i c u l t u r e ，N a n j i n g A g r i c u l t u r a lU n i v e r s i t y ,N a n j i n g 2 1 0 0 9 5 ，P R C

4、 h i n a目錄日永摘曇暮?????????????????????????????????????????????????IA B S T 剛忙T ??????????????????????????????????????????????V第一章文獻(xiàn)綜述???????????????????????????????。11 引言??????????????????????????????????12 基因組學(xué)研究相關(guān)技術(shù)?????

5、?????????????????????22 ．1 基因組測序技術(shù)?????????????????????????。22 ．2 基因組組裝????????????????????????????32 ．3 基因組注釋????????????????????????????63 昆蟲基因組測序現(xiàn)狀及存在的問題?????????????????????83 ．1 昆蟲基因組測序現(xiàn)狀????????????????????????83 ．

6、2 昆蟲基因組測序存在的困難????????????????????。1 04 本文研究目的和意義??????????????????????????。1 1第二章昆蟲基因組注釋方法優(yōu)化與平臺構(gòu)建???????????????????1 31 引言????????????????????????????????????????????．1 32 材料和方法???????????????????????????????1 52 ．1 數(shù)據(jù)

7、準(zhǔn)備????????????????????????????．1 52 ．2 重復(fù)序列的注釋?????????????????????????．1 52 ．3 轉(zhuǎn)錄證據(jù)的收集?????????????????????????．1 62 ．4 從頭預(yù)測證據(jù)收集????????????????????????．1 62 ．5 同源證據(jù)收集??????????????????????????．1 72 ．6 三類證據(jù)整合???????????

8、???????????????．1 72 ．7 從頭預(yù)測基因的重新評估?????????????????????．1 83 結(jié)果與分析???????????????????????????????1 83 ．1 O M I G A 注釋平臺流程???????????????????????。1 83 ．2O M I G A 注釋結(jié)果評估???????????????????．????．2 14 討論???????????????????

9、?????????????????????????2 2第三章二化螟基因組組裝、注釋和分析?????????????????????2 51 引言?????????????????????????????????2 S2 材料和方法??????????????????????????????2 62 ．1 昆蟲????????????????????????????????????????．2 62 ．2 基因組、轉(zhuǎn)錄組測序和組裝???

10、?????????????????．2 62 ．3 編碼基因和重復(fù)序列注釋?????????????????????．2 72 ．4 直系同源分析??????????????????????????．2 72 ．5 可變剪接????????????????????????????．．2 72 , 6G O 分析??????????????????????????????????????．．2 82 ．7m i c r o R N A 基