副溶血性弧菌(Vibrio parahemolyticus)CHN25菌株全基因組序列的測(cè)定及比較基因組分析.pdf

1、副溶血性弧菌（Vibrio parahemolyticus）是一種重要的水產(chǎn)品食源性致病菌，隸屬于γ-變形菌綱（Gammaproteobacteria），弧菌目（Vibrionales），弧菌科（Vibrionaceae），弧菌屬（Vibrio）的革蘭氏陰性嗜鹽細(xì)菌。它們天然存在于世界各地溫暖的河口與海洋環(huán)境中，引發(fā)的食品安全事件位居微生物性食物中毒事件的首位。
　　本文利用高通量454焦磷酸測(cè)序技術(shù)測(cè)定了副溶血性弧菌(V. pa

2、rahemolyticus) CHN25菌株的全基因組序列。經(jīng)過(guò)拼接，獲得了CHN25環(huán)狀全基因組序列，基因組大小為5443401bp，平均GC含量45.23％，共編碼4724個(gè)CDS（Coding sequence），9個(gè)16s-23s-5s rRNA操縱子，107個(gè)tRNA，以及30個(gè)假基因。CHN25基因組含有兩個(gè)環(huán)狀染色體，大小分別為3416467bp和1843316bp，分別編碼2989個(gè)和1641個(gè)CDS；還含有三個(gè)環(huán)狀質(zhì)粒

3、，大小分別為7642bp、83481bp和92495bp，分別編碼30個(gè)、60個(gè)和4個(gè)CDS。序列分析發(fā)現(xiàn)CHN25具有6個(gè)編碼轉(zhuǎn)座與整合相關(guān)酶的基因，4個(gè)prophage，92個(gè)IS元件，以及1個(gè)整合接合元件。
　　V.parahemolyticus CHN25基因組與部分已知弧菌全基因組序列共線性比較分析發(fā)現(xiàn)，CHN25染色體上存在DNA序列的插入、缺失與重排。例如，CHN25一號(hào)染色體上存在一個(gè)88453bp的插入序列，編碼

4、整合接合轉(zhuǎn)移相關(guān)蛋白；二號(hào)染色體上存在一個(gè)310867bp的倒置重排序列，編碼ABC轉(zhuǎn)運(yùn)系統(tǒng)、精氨酸轉(zhuǎn)運(yùn)系統(tǒng)、多藥外排系統(tǒng)、DNA接合轉(zhuǎn)移調(diào)節(jié)等相關(guān)蛋白。
　　V.parahemolyticus CHN25基因組還含有28個(gè)耐藥相關(guān)基因，其中4個(gè)基因?yàn)镃HN25所獨(dú)有。鞭毛相關(guān)基因分析發(fā)現(xiàn)，編碼極性鞭毛的基因大部分位于一號(hào)染色體上，而編碼側(cè)菌毛的基因則位于二號(hào)染色體上。另外，還發(fā)現(xiàn)CHN25基因組不含有耐熱直接溶血素基因（Ther