基于簡化基因組測序數據的DNA多態(tài)性檢測軟件AgroMarker Finder的開發(fā),以及它在水稻分子標記輔助育種中的應用.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、快速、準確的開發(fā)全基因組范圍的分子標記，對分子標記輔助育種和功能基因組學研究是至關重要的。在本論文的工作中，我們開發(fā)了一個整合性的軟件，命名為AgroMarker Finder。這個軟件提供了一個圖形用戶界面（GUI）以方便簡化基因組測序數據（RAD-seq）的分析。我們利用AgroMarker Finder，在水稻品種——JP69和交源5A之間開發(fā)了90,743個高質量的分子標記，其中SNPs有82,878個，InDels有7,865

2、個。SNPs標記的密度是0.2個/Kb，InDels的密度是0.02個/Kb，這些多態(tài)性不均勻的分布在水稻的12條染色體上。其中，12.2％的多態(tài)性會引起位于編碼區(qū)的非同義替換，在這之中有0.49%的多態(tài)性會產生缺失的或延長的蛋白質。測序驗證這些分子標記后，結果顯示我們所開發(fā)的分子標記的準確率約為93%。通過該軟件，我們發(fā)現并驗證了82個SNPs和31個InDels與117個重要的農藝性狀基因緊密連鎖。除此以外，我們利用AgroMark

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