漢族人群RAGE基因和APE1基因多態(tài)性與肺癌易感性的關(guān)聯(lián)研究.pdf

1、在我國肺癌已成為惡性腫瘤致死的主要原因之一，是嚴(yán)重危害公眾健康的主要疾病。為了揭示肺癌發(fā)生的遺傳基礎(chǔ)，近年來開展了大量關(guān)于肺癌相關(guān)基因的研究工作，包括肺癌易感基因多態(tài)性的單位點(diǎn)分析到全基因組掃描分析。然而迄今為止，還沒有找到一個(gè)能夠在多種族人群中得到驗(yàn)證的肺癌易感基因或基因突變，究其原因可能是在以往的研究中沒有充分考慮到基因-基因間的交互作用，而基因之間交互作用在復(fù)雜疾病的發(fā)病過程中的重要性已逐步被人們認(rèn)識。為了進(jìn)一步揭示肺癌發(fā)生的遺傳

2、基礎(chǔ)，本文以RAGE和APE1兩個(gè)候選基因?yàn)檠芯繉ο?，探索兩個(gè)基因的5個(gè)常見的單核苷酸多態(tài)性(SNP)與肺癌易感性之間的關(guān)聯(lián)，以及兩個(gè)基因間的交互作用與肺癌易感性之間的關(guān)系。
　　本文選取漢族人群中819例肺癌患者和803例健康對照者作為研究樣本，外周血提取基因組DNA，采用PCR-LDR技術(shù)對1622個(gè)樣本RAGE基因和APE1基因的5個(gè)常見SNP(rs1800625、rs1800624、rs2070600、rs1760944和

3、rs1130409)進(jìn)行基因分型。實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)采用R軟件和多元簡約法(MDR)分析，統(tǒng)計(jì)效能采用PS軟件完成，連續(xù)型變量的兩組間的比較采用非配對t檢驗(yàn)，分類型變量的兩組間比較采用x2檢驗(yàn)，采用擬合優(yōu)度的方法校驗(yàn)Hardy-Weinberg平衡。采用Logistic回歸模型分別在加性、顯性和隱性遺傳模式下對RAGE基因和APE1基因5個(gè)SNP評估肺癌易感性風(fēng)險(xiǎn)值，計(jì)算比值比及其95％可信區(qū)間評估各基因型與肺癌發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)的關(guān)系，統(tǒng)計(jì)學(xué)意義設(shè)定為P

4、＜0.05。單倍型頻率及其風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測采用Haplotype.stats程序完成，具體haplo.em程序用于計(jì)算單倍型頻率，haplo.cc和haplo.glm程序基于一般線性模型計(jì)算比值比及其95％可信區(qū)間。肺癌組和對照組間的基因單倍型頻率的差異通過校正P值計(jì)算，校正統(tǒng)計(jì)量是基于隨機(jī)排列性狀和協(xié)變量并計(jì)算單倍型的分值。haplo.stats程序包含haplo.em、haplo.cc和haplo.glm。基因-基因間交互作用通過MDR軟件

5、分析。
　　經(jīng)研究發(fā)現(xiàn)病例組與對照組間在年齡、性別及家族腫瘤史分布的差異經(jīng)檢驗(yàn)無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P＞0.05)，即兩組在年齡、性別及家族腫瘤史的分布上是均衡可比，吸煙者、飲酒者及患有慢性阻塞性肺病史的比例在肺癌組中顯著增高(P＜0.0005)。對病例組和對照組間進(jìn)行SNP單位點(diǎn)分析、單倍型分析及RAGE基因和APE1基因間交互作用分析。在加性、隱性和顯性遺傳模式下，分別對5個(gè)常見SNP的基因型分布和等位基因頻率與肺癌易感性間的關(guān)系進(jìn)行

6、分析。經(jīng)檢驗(yàn)，病例組和對照組中所有研究位點(diǎn)的基因型分布符合Hardy-weinberg定律。RAGE基因的rs1800625(Pgenotype＜0.0005;Pallele＜0.0005)、rs2070600(Pgenotype=0.005; Panele=0.004)和APE1基因rs1130409(Pgenotype=0.009;Pall。l。=0.004)的基因型分布和等位基因頻率在病例組和對照組間有顯著差異，具有顯著的統(tǒng)計(jì)學(xué)能

7、效，分別為94.2％，81.6％和81.3％。在不同的遺傳模型下，rs1800625和rs1130409與肺癌的易感性顯著相關(guān)，尤其在隱性模型下，獨(dú)立于混雜因素，對于rs2070600，僅在加性和隱性模型下具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義;對RAGE基因和APE1基因進(jìn)行單倍型分析發(fā)現(xiàn)T-T-G(RAGE基因按照rs1800625-rs1800624-rs2070600順序，Psim=0.315)和G-G(APE1基因按照rs1760944-rs1130

8、409順序，Psim=0.084)是最常見的單倍型，其單倍型頻率在病例組和對照組間的差異沒有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。與對照組相比，RAGE基因單倍型C-A-A的頻率在肺癌組中顯著增高，在未校正混雜因素條件下，該單倍型的肺癌風(fēng)險(xiǎn)值為2.1(95％可信區(qū)間;1.52～2.91)，校正混雜因素后的風(fēng)險(xiǎn)值為2.15(95％可信區(qū)間;1.55～2.97)。APE1基因的單倍型頻率在兩組間差異無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義;采用多元簡約法(MDR)分析RAGE基因-APE1基因

9、間交互作用，對5個(gè)研究位點(diǎn)進(jìn)行交互作用分析每個(gè)最優(yōu)模型均檢測校驗(yàn)精度和交叉驗(yàn)證一致性，并通過置換檢驗(yàn)對顯著水平進(jìn)行檢測。經(jīng)檢驗(yàn)得到的最佳模型為rs2070600*rs1130409，這個(gè)模型有最大的檢驗(yàn)精度65.63％和最大的交叉驗(yàn)證一致性，且有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P=0.006)。
　　本研究以1622例漢族人群為樣本，對RAGE和APE1兩個(gè)候選基因的5個(gè)常見SNP與肺癌易感性進(jìn)行關(guān)聯(lián)性研究，首次探索RAGE基因和APE1基因的交互作