MDCK細(xì)胞滲透性計(jì)算機(jī)預(yù)測(cè)模型的建立與評(píng)價(jià).pdf

1、一、研究背景及目的
　　本課題采用MOE2011，從期刊文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)，化學(xué)信息學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)等收集MDCK細(xì)胞滲透性數(shù)據(jù)，計(jì)算并篩選分子描述符，進(jìn)行MDCK細(xì)胞滲透性模型的建立并評(píng)價(jià)。本課題旨在建立一個(gè)穩(wěn)健、可靠的MDCK細(xì)胞滲透性模型，為藥物早期發(fā)現(xiàn)過程中篩選提供一個(gè)MDCK細(xì)胞滲透性數(shù)據(jù)評(píng)價(jià)的有力工具。
　　二、方法與結(jié)果
　　1.MDCK細(xì)胞滲透性性模型的建立
　　本章通過網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行MDCK細(xì)胞滲透性數(shù)據(jù)收集，并進(jìn)行

2、格式轉(zhuǎn)換，并輸入。采用MOE2011進(jìn)行分子能量?jī)?yōu)化，分子描述符（包括2D分子描述符和3D分子描述符）的計(jì)算，并隨機(jī)劃分為訓(xùn)練集和測(cè)試集。去除重復(fù)，或相關(guān)性較大的描述符，或?yàn)槌Ａ康姆肿用枋龇?，后采用GA-PLA進(jìn)行分子描述符的篩選，最終獲得10個(gè)分子描述符。采用MLR進(jìn)行線性模型的建立。模型的均方根誤差（RMSE）為0.43207，相關(guān)系數(shù)R2為0.86628。
　　2.MDCK細(xì)胞滲透性模型的評(píng)價(jià)
　　本章采用MOE201

3、1 AutoQSAR模塊，用LOO驗(yàn)證法，5折交叉驗(yàn)證法，Y隨機(jī)化法，測(cè)試集驗(yàn)證法，模型應(yīng)用域等進(jìn)行MDCK細(xì)胞滲透性模型的評(píng)價(jià)。LOO RMSE為0.52019，LOO R2為0.80768。5折交叉驗(yàn)證法的RMSE為0.52019。Y隨機(jī)化法的R2與模型的R2差異顯著。測(cè)試集驗(yàn)證法的相關(guān)系數(shù)q2為0.77115。
　　三、結(jié)論
　　本課題建立了MDCK細(xì)胞滲透性模型:-logPapp=-2.81270+1.03126*P

4、C+-0.01293*PEOE_VSA+1+0.41244*dipoleX+5.31619*glob-0.10999*opr_brigid+2.45322*vsurf_CW1+0.02388*vsurf_D8+1.05636*vsurf_EDmin1-0.04246*vsurf_Wp4+0.02238*SMR_VSA4。LOO驗(yàn)證法，5折交叉驗(yàn)證法，Y隨機(jī)化法，測(cè)試集驗(yàn)證等驗(yàn)證后，該模型仍穩(wěn)定可靠。說明該模型穩(wěn)健，魯棒性強(qiáng)。本課題為藥物