基于基因本體論的蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)模塊識別算法.pdf

1、識別蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)中的模塊結(jié)構(gòu)，是理解細(xì)胞功能的組織結(jié)構(gòu)以及動態(tài)性的第一步。因而，如何在蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)中尋找模塊結(jié)構(gòu)便成為一項(xiàng)十分重要而且極具挑戰(zhàn)的任務(wù)。目前，出現(xiàn)了許多基于蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)識別模塊的方法，但是這類方法主要集中于識別網(wǎng)絡(luò)中的稠密區(qū)域作為蛋白質(zhì)模塊，而忽略了蛋白質(zhì)自身所具有的生物功能。因此，在本文中，我們提出了一種既考慮蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)，又考慮蛋白質(zhì)自身生物功能的基于基因本體論的模塊識別算法

2、（Core-Attachment based on Gene Ontology, CoAchGO）。
　　CoAchGO算法主要包括兩個(gè)步驟：首先，在蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)中找出蛋白質(zhì)模塊的核心（稱之為蛋白質(zhì)核）。在找蛋白質(zhì)核的過程中，利用基因本體論從蛋白質(zhì)分子功能層面對蛋白質(zhì)核進(jìn)行校正與過濾。這樣既彌補(bǔ)了單一依據(jù)拓?fù)湫缘牟蛔?，又能有效地處理目前蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)中普遍存在假陽性、假陰性數(shù)據(jù)的問題。接著，再利用基因本體論對蛋白質(zhì)核進(jìn)行