豬PRDX2和PRDX6基因的分離及遺傳效應(yīng)分析.pdf

1、PRDX2和PRDX6基因同屬于抗氧化蛋白超家族,該家族基因編碼的蛋白能通過(guò)硫氧還蛋白還原過(guò)氧化物或超氧化物,消除代謝產(chǎn)生的過(guò)氧化物,發(fā)揮抗氧化和清除自由基的作用。本實(shí)驗(yàn)室在研究典型瘦肉型豬種(大白)和脂肪型中國(guó)地方豬種(梅山)兩種不同品種豬骨骼肌形成的分子機(jī)理時(shí),應(yīng)用差異蛋白質(zhì)組學(xué)篩選出了PRDX2和PXDR6兩個(gè)差異蛋白。鑒于此,本研究選擇PRDX2和PXDR6作為豬肌肉品質(zhì)的候選基因,開(kāi)展了基因結(jié)構(gòu)、時(shí)空表達(dá)譜、多態(tài)性及性狀關(guān)聯(lián)分

2、析等方面的研究,獲得如下結(jié)果:
　　 1、獲得豬PRDX6基因765 bp長(zhǎng)度的cDNA序列,運(yùn)用GENSCAN預(yù)測(cè)開(kāi)放閱讀框,其中編碼區(qū)675 bp,預(yù)測(cè)編碼224個(gè)氨基酸；利用豬PRDX6的cDNA全長(zhǎng)在豬核酸數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行比對(duì),發(fā)現(xiàn)和豬9號(hào)染色體一個(gè)基因組克隆(pig clone CH242-230A16)完全匹配,發(fā)現(xiàn)豬PRDX6基因組全長(zhǎng)達(dá)168 kb,包含5個(gè)外顯子；通過(guò)Spidey程序以及不同物種間剪切位點(diǎn)的保守性分

3、析基因結(jié)構(gòu),結(jié)果表明豬PRDX6基因的4個(gè)內(nèi)含子的剪切方式均符合“gt-ag”法則。
　　 獲得了豬PRDX2基因611 bp長(zhǎng)度的cDNA序列,運(yùn)用GENSCAN預(yù)測(cè)開(kāi)放閱讀框,其中編碼區(qū)597 bp,預(yù)測(cè)編碼198個(gè)氨基酸；利用豬PRDX2的cDNA全長(zhǎng)在豬核酸數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行比對(duì),發(fā)現(xiàn)和豬2號(hào)染色體一個(gè)基因組克隆(pig clone CH242-275M24)完全匹配,發(fā)現(xiàn)豬PRDX2基因組全長(zhǎng)達(dá)181 kb,包含6個(gè)外顯子,

4、5個(gè)內(nèi)含子。通過(guò)Spidey程序以及不同物種間剪切位點(diǎn)的保守性分析基因結(jié)構(gòu),結(jié)果表明豬PRDX2基因的5個(gè)內(nèi)含子的剪切方式均符合“gt-ag”法則。
　　 2、運(yùn)用熒光定量RT-PCR分析豬PXDR6基因在不同品種間及不同發(fā)育時(shí)期的RNA水平上是否存在差異。實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明:大白豬PRDX6基因在RNA水平上出生后4M高表達(dá),和蛋白質(zhì)組學(xué)得到的結(jié)果一致；大白豬PRDX2基因在RNA水平上出生后2M高表達(dá),和蛋白質(zhì)組學(xué)得到的結(jié)果(PR

5、DX2蛋白在胚胎期65天高表達(dá))不一致。
　　 3、運(yùn)用熒光定量RT-PCR技術(shù)對(duì)PRDX2和PXDR6基因進(jìn)行組織表達(dá)譜分析。結(jié)果表明:大白豬PRDX6基因在肝和股二頭肌中高表達(dá),在胃中中度表達(dá),其他組織相對(duì)低表達(dá)。大白豬PRDX2基因在胃中高表達(dá),肝和腎中中度表達(dá),脾中低表達(dá),在其他組織中相對(duì)低表達(dá)。
　　 4、對(duì)大白和梅山豬PRDX6基因序列對(duì)比,發(fā)現(xiàn)編碼區(qū)第4外顯子處有2個(gè)潛在的SNPs分別在第417 bp處(C

6、/T突變)和第423 bp處(A/G突變),但均沒(méi)有引起氨基酸的變化。采用焦磷酸測(cè)序方法對(duì)這兩個(gè)位點(diǎn)在6個(gè)豬種和247頭F2“大白×梅山”資源家系中作了遺傳變異分析和性狀關(guān)聯(lián)分析。結(jié)果表明:C417T位點(diǎn)國(guó)外品種均以C等位基因?yàn)橹?國(guó)內(nèi)品種均以T等位基因?yàn)橹?該位點(diǎn)與肌內(nèi)脂肪、肌肉水分相關(guān)；A423G位點(diǎn)國(guó)外品種均以A等位基因?yàn)橹?國(guó)內(nèi)品種以G等位基因?yàn)橹?該位點(diǎn)與失水率、系水力、肌內(nèi)脂肪、肌肉水分相關(guān)。
　　 5、采用PCR方