基因組中基因非均勻指數(shù)、偏好模以及基因間關(guān)聯(lián)的研究.pdf

1、該文第一章按照"在計(jì)算非均勻指數(shù)HI的值時(shí),任何一種堿基在序列中出現(xiàn)的理論頻數(shù)都應(yīng)該大于5"這一基本要求,對(duì)原HI公式進(jìn)行了約化處理,并將約化后的HI值與原HI值作了對(duì)比,發(fā)現(xiàn)不同的約化方式所得到的HI值在描述序列不均勻性時(shí)的效果是不同的,用編碼區(qū)所偏好的約化語(yǔ)言進(jìn)行約化后所得到的HI值在應(yīng)用于高GC含量、中GC含量以及總共的外顯子和內(nèi)含子的識(shí)別時(shí),其效果要優(yōu)于原HI值.第二章利用重新定義的堿基片段的相對(duì)模式含量,研究了大腸桿菌和酵母基

2、因序列的三堿基偏好模.第三章運(yùn)用信息論的方法,研究了枯草桿菌、大腸桿菌和酵母三種生物的全基因組內(nèi)的基因之間的關(guān)聯(lián)特征.發(fā)現(xiàn)對(duì)于大腸桿菌和枯草桿菌基因組來說,基因之間存在著較強(qiáng)的短程關(guān)聯(lián),枯草桿菌基因組在表達(dá)水平方面還出現(xiàn)了強(qiáng)度較弱的中、長(zhǎng)程關(guān)聯(lián),而且全基因組基因間關(guān)聯(lián)要強(qiáng)于正鏈或負(fù)鏈上基因之間的關(guān)聯(lián),基因在表達(dá)水平方面的關(guān)聯(lián)要強(qiáng)于在長(zhǎng)度方面的關(guān)聯(lián),此外,基因的表達(dá)水平和長(zhǎng)度這兩個(gè)特征間也存在著關(guān)聯(lián),并對(duì)這些現(xiàn)象進(jìn)行了相應(yīng)的解釋.具體到特