無參考基因組的比較基因組學(xué)研究.pdf

1、我們對(duì)系統(tǒng)比較的方法學(xué)原理做了深入的思考，揭示出上下文-對(duì)象表示法是一種便于比較的形式。同時(shí)指出，兩可類比系統(tǒng)之間的差異程度與比較的次序無關(guān)，這一原理在比較基因組學(xué)中甚為有用，它表明同源位點(diǎn)的比對(duì)順序信息對(duì)兩基因組之間的p-距離計(jì)算以及其他基于p-距離的進(jìn)化距離計(jì)算是無用的，因此原則上用距離法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹無需完整的序列，也無需序列比對(duì)。
　　我們提出了生物序列的上下文-對(duì)象表示法及其一般化形式，這種表示法可用于快速尋找同源位點(diǎn)，

2、但它不考慮同源位點(diǎn)之間的序列關(guān)系。我們提出了co-phylog算法，該算法將基因組序列表示成上下文-對(duì)象形式，從而能夠在沒有完整基因組序列的情況下給出兩基因組之間的進(jìn)化距離，進(jìn)而構(gòu)建出系統(tǒng)發(fā)生樹。在近源物種的系統(tǒng)發(fā)生研究中，co-phylog算法所構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)生樹與基于完整基因組序列比對(duì)法構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)生樹吻合。
　　我們借助co-phylog算法，用公共的全基因組高通量測(cè)序數(shù)據(jù)對(duì)一些系統(tǒng)發(fā)生關(guān)系未知的屬進(jìn)行研究，給出推測(cè)性的系統(tǒng)發(fā)