水稻和擬南芥MADS和MYB轉(zhuǎn)錄因子密碼子用法及系統(tǒng)進化分析.pdf

1、洳專：j、嗡。碩士學位論文⑧水稻和擬南芥MADS和MYB轉(zhuǎn)錄因子密碼子用法及系統(tǒng)進化分析中國杭州4、擬南芥及水稻轉(zhuǎn)錄因子MYB密碼子的偏好性分析水稻和擬南芥MYB轉(zhuǎn)錄因子的G、C含量相差很大，高GC含量的水稻特別偏好使用以C和G結(jié)尾的密碼子，其含量分別達68，8％和462％，而低e卜C含量的擬南芥中則以G和C結(jié)尾的密碼子分別僅為216％和63％，推測水稻和擬南芥MYB轉(zhuǎn)錄因子中GC含量在其統(tǒng)一密碼子使用偏性方面有較大的決定系數(shù)。Codo

2、nW的因子相關性分析結(jié)果表明，擬南芥中MYB轉(zhuǎn)錄因子家族偏好使用A、U結(jié)尾的密碼子。A、U結(jié)尾的密碼子在FCA的圖上比較集中，與G、C結(jié)尾的密碼子很明顯的分開。發(fā)現(xiàn)密碼子的偏好性使用對MYB的二級結(jié)構(gòu)產(chǎn)生一定程度影響。5水稻和擬南芥R1R2R3MYB轉(zhuǎn)錄因子的分析通過水稻和擬南芥全基因組搜索分別發(fā)現(xiàn)96個和116個MYB轉(zhuǎn)錄因子，其中RIR2結(jié)構(gòu)域的最多，分別占622％ffll716％。其次是Rl結(jié)構(gòu)域，RIR2R3結(jié)構(gòu)域最少。比較了1

3、1個擬南芥和13個水稻R1R2R3MYB蛋白，其中擬南芥的平均長度為381aa，GC含量較低(426％)，而水稻平均長度為283aa，Gc含量較高(67％)。但兩種植物中氨基酸含量基本一致。多序列比對結(jié)果表明，MYB蛋白之間的保守結(jié)構(gòu)域及其組成殘基，可分為6個皿組。3個MYB結(jié)構(gòu)域R1R2R3亞類成員，與動物、真菌中的R1R2K3MYB蛋白高度同源。關鍵詞：水稻，擬南芥，MYB轉(zhuǎn)錄因子，MADS轉(zhuǎn)錄因子，密碼子偏性，多序列比對，結(jié)構(gòu)域，