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文檔簡介
1、隨著基因組測(cè)序技術(shù)的蓬勃發(fā)展,越來越多的全基因組序列完成測(cè)序。這帶給我們一個(gè)前所未有的機(jī)會(huì),使我們可以在序列水平上研究基因組結(jié)構(gòu)特征,可以對(duì)多個(gè)物種進(jìn)行全基因組水平上的比較研究。已有的研究工作揭示了基因組結(jié)構(gòu)的許多基本特征。本文對(duì)人與其他高等真核生物基因組的isochore結(jié)構(gòu)和超級(jí)保守序列進(jìn)行了研究。主要內(nèi)容如下: 第一部分介紹了生命科學(xué)研究的新動(dòng)態(tài)和生物信息學(xué)相關(guān)知識(shí),介紹了Z曲線理論和方法,以及在基因組研究中的應(yīng)用。
2、 第二部分主要致力于人與其他高等真核生物基因組isochore結(jié)構(gòu)的研究。著眼于人類基因組isochore邊界的生物學(xué)意義,使用最新開發(fā)的基于Z曲線理論的基因組序列分段算法,在單核苷酸精度的水平上重新定位了人類基因組56個(gè)isochore的邊界,共得到79個(gè)獨(dú)立的邊界。通過與其他的生物學(xué)特征相比較,我們發(fā)現(xiàn)isochore邊界與很多有生物學(xué)意義的生物學(xué)元件的邊界重合,如:重復(fù)元件(repeat),GpG島分布,保守序列等。另外isoc
3、hore邊界附近的序列組成高度保守。通過和已被實(shí)驗(yàn)證實(shí)的MHC序列中的復(fù)制開關(guān)點(diǎn)附近的序列相比較,有理由推斷這79個(gè)isochore邊界都有可能是人類基因組中的復(fù)制開關(guān)位點(diǎn)。結(jié)果表明,isochore的邊界可能發(fā)揮著重要的功能,并且為理解人類基因組的結(jié)構(gòu)提供新的方向。論文還分析了六個(gè)基因組(人,鼠,牛,斑馬魚,脂鯉,楊樹)的isochore結(jié)構(gòu),發(fā)現(xiàn)溫血脊椎動(dòng)物,冷血脊椎動(dòng)物,和植物基因組中都具有isochore結(jié)構(gòu),并且分析了isoc
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