基于序列特征的蛋白質(zhì)功能類預(yù)測方法研究.pdf

1、隨著人類基因組計(jì)劃(Human Genome Project,HGP)的實(shí)施,核酸、蛋白質(zhì)的序列和結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)呈指數(shù)增長,生命科學(xué)已實(shí)質(zhì)性地步入到后基因組時(shí)代。序列信息不斷累積的同時(shí),大量參與重要生命活動(dòng)的蛋白質(zhì)功能卻仍然未知。蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)和功能信息之間的差距,使得在全蛋白質(zhì)組范圍內(nèi)確定蛋白質(zhì)的功能成為后基因時(shí)代生物學(xué)研究的主要任務(wù)之一。隨著序列信息的急劇增加,人們開始將更多的注意力放在如何從序列預(yù)測蛋白質(zhì)功能的問題上。論文主要研究基于序

2、列特征的蛋白質(zhì)功能類預(yù)測,主要工作包括:
　　 在對蛋白質(zhì)序列的表征方法和分類方法進(jìn)行較為詳細(xì)的綜述之后,提出了一種氨基酸序列的全局編碼(Global Encoding,GE)方法來表征蛋白質(zhì)序列,并采用最近鄰分類算法預(yù)測蛋白質(zhì)的功能類。通過對酵母蛋白質(zhì)的1818條序列進(jìn)行功能分類預(yù)測,驗(yàn)證了這種方法的有效性。特別是當(dāng)?shù)鞍踪|(zhì)相互作用信息有限,僅采用序列信息的情況下,它能有效地提取蛋白質(zhì)序列中蘊(yùn)含的功能信息,達(dá)到蛋白質(zhì)功能類預(yù)測的