通過構(gòu)建蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域功能模版庫做基于序列的蛋白質(zhì)功能位點預(yù)測.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、由蛋白質(zhì)序列預(yù)測其功能位點是蛋白質(zhì)功能注釋的重要步驟，它也為相關(guān)生物學(xué)實驗提供重要依據(jù)。本文通過對蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域分類數(shù)據(jù)庫SCOP的再劃分，得到了13590個“子結(jié)構(gòu)域”，并利用隱馬爾科夫鏈模型軟件HMMER為這些子結(jié)構(gòu)域構(gòu)建了相應(yīng)的模版序列。我們利用蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫PDB文件中SITE注釋行信息和動力學(xué)微擾動算法DPA的預(yù)測結(jié)果，將135621個子結(jié)構(gòu)域的功能位點映射到對應(yīng)的模版序列，從而得到了一個附帶功能位點注釋的模版庫(fDPD)。

2、HMMER將給定的未知序列定位到fDPD中特定的模版上，通過模版上的功能位點反應(yīng)到詢問序列上從而定位出預(yù)測位點。為了檢驗其預(yù)測效用，我們應(yīng)用本方法檢驗了幾個不同類型的數(shù)據(jù)庫，我們的預(yù)測結(jié)果表明本方法有較高的精準(zhǔn)度和覆蓋度。我們的分析表明，fDPD作為一個開放的模版庫，它還可以通過吸收其他的蛋白質(zhì)功能注釋信息（如文獻(xiàn)檢索）建立起更完備、更專門的模版庫，從而提高預(yù)測精度和效用。我們的計算結(jié)果表明，結(jié)構(gòu)上相似的蛋白質(zhì)其功能位點傾向于出現(xiàn)在相似

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