序列替代的蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu)預(yù)測方法.pdf

1、蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)決定功能.蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中新發(fā)現(xiàn)蛋白質(zhì)數(shù)量的迅速增長和蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)測定的復(fù)雜性決定了蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu)預(yù)測是當前生物信息學(xué)研究的熱點.該文中根據(jù)三級結(jié)構(gòu)預(yù)測的兩種最流行的方法:threading方法和ab initio方法應(yīng)用范圍的不同,提出了一種將二者結(jié)合的新的預(yù)測方法:序列替代預(yù)測法.Threading方法應(yīng)用于待測氨基酸序列在蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中與已解決結(jié)構(gòu)的氨基酸序列匹配度較高的預(yù)測目標.ab initio方法應(yīng)用于序列在數(shù)據(jù)庫中

2、匹配度很低的預(yù)測目標.該文提出一種方法,從已解決結(jié)構(gòu)和匹配度較高預(yù)測序列出發(fā),得到序列不同但結(jié)構(gòu)類似的序列的群組(二級結(jié)構(gòu)群組)和兩兩對應(yīng)(非二級結(jié)構(gòu)片斷:經(jīng)驗對應(yīng)),并將這些對應(yīng)建立數(shù)據(jù)庫.對于threading方法中匹配度較低的待測序列,該方法將它拆分為二級結(jié)構(gòu)和非二級結(jié)構(gòu),分別作序列替代,然后送入threading方法,對較好的結(jié)果和ab initio方法的結(jié)果作聚類,得到最優(yōu)的模型.文中提出了序列替代方法的系統(tǒng)架構(gòu),并對主要的算