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文檔簡介
1、分子動力學(xué)模擬是指對于原子核和電子所構(gòu)成的多體系統(tǒng)，其中每一原子核被視為在全部其他原子核和電子所提供的經(jīng)驗勢場作用下按牛頓定律運動，進(jìn)而得到體系中的粒子的運動軌跡，再按照統(tǒng)計物理的方法計算得出物質(zhì)的結(jié)構(gòu)和性質(zhì)等。
本論文主要是研究咖啡因、安定、脫氫膽酸以及前列腺素E1四種藥物分別和β-環(huán)糊精及其衍生物(麥芽糖-β-環(huán)糊精、羥丙基-β-環(huán)糊精)形成的復(fù)合物在水溶液體系中的分子動力學(xué)模擬(molecular dynamics
2、simulation，MD)的相互比較，從而找出適合不同分子結(jié)構(gòu)的藥物分子藥物運輸載體。
本課題運用了目前最常用的分子動力學(xué)模擬軟件——GROMACS，應(yīng)用GROMOSS96力場模擬了20 ns，還使用了很多輔助分析計算軟件，如Accelrys viewerpro、Matlab、Chemdraw、Origin等。通過對于每種藥物和三種環(huán)糊精形成的不同的復(fù)合物體系模擬，對于每個體系進(jìn)行了作用能、均方根偏差、構(gòu)象變化、氫鍵、徑
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