基于高通量測序的非編碼rna挖掘、分析和功能注釋平臺mirtools2.0的開發(fā)及應(yīng)用

1、答辯委員會主席： 管敏鑫教授( 浙江大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院)論文答辯日期： 2 0 1 3 年5 月2 2 日溫州醫(yī)學(xué)院碩士學(xué)位論文基于高通量測序的非編碼R N A 挖掘、分析和功能注釋平臺m i r T o o l S 2 ．0 的開發(fā)及應(yīng)用摘要背景非編碼R N A 在許多生物過程中對基因的表達(dá)起著重要的調(diào)控作用。同時，非編碼R N A 調(diào)控的異常與許多疾病有關(guān)，例如：神經(jīng)性疾病、心血管疾病和癌癥等。因此，非編碼R N A 靶點分析和注釋對

2、生物醫(yī)學(xué)研究者進(jìn)一步闡明非編碼R N A 調(diào)控的分子機(jī)制和臨床發(fā)病原理有重要作用。小R N A 測序技術(shù)作為一種功能強(qiáng)大且高效的轉(zhuǎn)錄組研究新方法已經(jīng)在非編碼R N A 的研究中得到了廣泛的應(yīng)用。然而，高通量測序所產(chǎn)生的海量數(shù)據(jù)的處理和分析對生物信息學(xué)來說仍然是一個很大的挑戰(zhàn)。因此我們開發(fā)了m i r T o o l s 2 ．0 ：支持多物種的非編碼R N A 綜合分析軟件。研究目的1 ．升級之前開發(fā)的識別m i R N A 并注釋其作

3、用靶點的m i R N A 分析軟件m i r T o o l s1 ．0 ，使之能夠檢測的非編碼R N A 種類更加全面，并且能夠預(yù)測更多種類的未知非編碼R N A ；2 ．對靶基因提供一般注釋的基礎(chǔ)上，開發(fā)界面友好、易用的基因本體論、K E G G代謝網(wǎng)絡(luò)和蛋白與蛋白相互作用分析模塊，方便用戶研究非編碼R N A 靶基因代謝網(wǎng)絡(luò)上的相互關(guān)系：3 ．添加更多的參考基因組，以支持研究人員更多物種的樣本；4 ．開發(fā)成組樣本的分析，使用戶能