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1、1,第八章 動(dòng)物基因組學(xué)基礎(chǔ),第一節(jié) 動(dòng)物遺傳標(biāo)記 一 遺傳標(biāo)記的概念及其發(fā)展 (一)遺傳標(biāo)記的概念 遺傳標(biāo)記是指能夠用以區(qū)別生物個(gè)體或群體及其特定基因型、并能穩(wěn)定遺傳的物質(zhì)標(biāo)志。 遺傳標(biāo)記是一些等位基因或遺傳物質(zhì),能在生物體上以各種形式表現(xiàn)出各種變異。 遺傳標(biāo)記的概念經(jīng)歷了從宏觀到微觀、從外部到內(nèi)部、從
2、蛋白質(zhì)到DNA的發(fā)展過程。,2,,(二)遺傳標(biāo)記概念的發(fā)展 □ 形態(tài)學(xué)標(biāo)記 能用肉眼觀察和識(shí)別的外部性狀。例如,動(dòng)物的毛色、角形、耳型、體型、外貌等。此法簡單直觀,但標(biāo)記數(shù)目少、多態(tài)性低、易受環(huán)境影響。 □ 細(xì)胞遺傳標(biāo)記 主要是指染色體核型(染色體的數(shù)目、大小、隨體、著絲粒位置、核仁組織區(qū)等)、帶型和數(shù)量的變異。此法能反映出染色體結(jié)構(gòu)和數(shù)目的多態(tài)性,但由于這些變異往往帶來有害的表型
3、效應(yīng),生物難以忍受。,3,,□ 免疫遺傳標(biāo)記 以動(dòng)物的免疫學(xué)特征為標(biāo)記,主要是紅細(xì)胞抗原多態(tài)性和白細(xì)胞抗原多態(tài)性。 · 紅細(xì)胞抗原多態(tài)性——血型,以細(xì)胞表面的抗原而定 · 白細(xì)胞抗原多態(tài)性——主要組織兼容性復(fù)合體(MHC),以白細(xì)胞表面的抗原而定。 □ 生化遺傳標(biāo)記(蛋白質(zhì)多態(tài)性標(biāo)記) 同一種動(dòng)物中,具有相同功能的蛋白質(zhì)存在兩種以上的變異體,有些可以用電
4、泳方法區(qū)分其中的差異。,4,,□ 分子遺傳標(biāo)記 ○分子遺傳標(biāo)記是以DNA多態(tài)性為基礎(chǔ)的遺傳標(biāo)記,又稱DNA分子標(biāo)記或多態(tài)性DNA標(biāo)記。 ○自20世紀(jì)70年代以來,隨著分子生物學(xué)的發(fā)展,相繼建立了多種分子遺傳標(biāo)記檢測技術(shù),例如,RFLP、VNTR、RAPD、AFLP、SNP等。 ○分子遺傳標(biāo)記的特點(diǎn):遺傳多態(tài)性高;檢測方法簡單快捷;遺傳共顯性,能分離出等位基因的三種基因型。,5,,二、分子遺傳
5、標(biāo)記 (一)限制性片段長度多態(tài)性(restiction fragment length polymorphism,RFLP) ○ RFLP RFLP是1980年建立的第一代分子遺傳標(biāo)記。 原理:用限制性內(nèi)切酶切割不同個(gè)體的DNA時(shí),如果存在酶切位點(diǎn)的變化,就會(huì)產(chǎn)生長度不同的DNA片段,電泳后用克隆探針檢測時(shí),就會(huì)出現(xiàn)泳動(dòng)行為的改變。 基本過程:取得DNA樣本——酶切——電泳——轉(zhuǎn)移至硝酸纖
6、維膜上——DNA探針雜交——放射自顯影,6,圖7-1 Southern雜交過程,7,圖7-2 RFLP檢測,8,,○ 聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(polymerase chain reaction , PCR) PCR是1985年建立的一種體外快速擴(kuò)增特定基因或DNA序列的方法。 原理:在反應(yīng)溫度為90—95℃時(shí),DNA變性成為單鏈;反應(yīng)溫度降至45—65℃時(shí),兩種引物與兩條單鏈DNA退火而配對(duì)結(jié)合;反應(yīng)溫度升至72℃左右時(shí),
7、在TaqDNA聚合酶作用下,引物以單鏈DNA為模板逐步延伸成新的單鏈?!?變性——退火——延伸”這一循環(huán)完成后,DNA復(fù)制了一次,由一個(gè)DNA分子成為兩個(gè)DNA分子。,9,圖7-3 DNA擴(kuò)增原理,10,,○ PCR—RFLP 如果已知多態(tài)性位點(diǎn)周圍的DNA序列,則可用PCR快速而簡單地進(jìn)行RFLP分析。 首先根據(jù)多態(tài)位點(diǎn)兩側(cè)序列設(shè)計(jì)和合成引物;以基因組DNA為模板進(jìn)行PCR擴(kuò)增;用相應(yīng)的內(nèi)切酶進(jìn)
8、行消化;再進(jìn)行電泳,分析PCR區(qū)帶判斷多態(tài)性。,11,圖7-4 PCR—RFLP,12,,(二)串聯(lián)重復(fù)序列標(biāo)記(tandem repeated sequence,TRS) ○ 真核基因組序列 單一序列 短片段重復(fù)序列(正向重復(fù)、反向重復(fù)、回文序列) 長片段重復(fù)序列(輕度重復(fù)、中度重復(fù)、高度重復(fù)),13,,高度重復(fù)序列 衛(wèi)星DNA(satellite DNA) 序列中G-C含量約30%,遠(yuǎn)低于基因組
9、中主體DNA (G-C含量約42%)。將DNA切成片段進(jìn)行氯化銫密度梯度離心時(shí),由于富含A-T浮力密度小,形成一條窄帶在主體DNA外面,故稱衛(wèi)星DNA。 小衛(wèi)星DNA(minisatellite DNA) 微衛(wèi)星DNA(microsatellite DNA),14,圖7-6 衛(wèi)星DNA,15,○小衛(wèi)星標(biāo)記 小衛(wèi)星DNA是一種可變數(shù)量的串聯(lián)重復(fù)(varible number of tandem repeats
10、, VNTR),在不同個(gè)體和基因組的不同位點(diǎn)上數(shù)目都不同。 用內(nèi)切酶把總DNA切成不同長度的片段(VNTR上沒有酶切位點(diǎn)),再以VNTR中的特殊序列為探針進(jìn)行Southern雜交,由于不同個(gè)體的這種串聯(lián)重復(fù)的數(shù)目及位置不同,所以VNTR的Southern雜交譜帶具有高度的個(gè)體特異性,故又稱其為DNA指紋(DNA fingerprints)。,16,,○ 微衛(wèi)星標(biāo)記 微衛(wèi)星DNA又稱短串聯(lián)重復(fù)序列(STR),重復(fù)單位的核
11、心序列為2—6 bp。 以微衛(wèi)星DNA兩側(cè)特異性序列設(shè)計(jì)探針,用PCR技術(shù)擴(kuò)增微衛(wèi)星片段,擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)電泳分離,不同個(gè)體因核心序列重復(fù)次數(shù)不同而產(chǎn)生DNA多態(tài)性。,17,真核生物基因組序列,,18,一個(gè)家系的微衛(wèi)星PCR檢測結(jié)果,19,,(三)單核苷酸多態(tài)性標(biāo)記(single nucleotide polymorphism ,SNP) SNP與RFLP、STR等標(biāo)記不同之處在于不以“長度”差別為檢測手段,而是
12、直接以序列的變異作為標(biāo)記。 基因組DNA某一特定的核苷酸位置上,可能發(fā)生單個(gè)堿基的變化,如轉(zhuǎn)換、顛換等,使得群體中基因組的某些位點(diǎn)上存在差異。 SNP就是指基因組內(nèi)特定的核苷酸位置上存在兩種以上不同的核苷酸,其中最少一種在群體中的出現(xiàn)頻率不少于1%(低于1%則視為突變)。,20,SNP是出現(xiàn)頻率最高的標(biāo)記,人類基因組中平均每1000 bp中就有1個(gè)SNP,總數(shù)可達(dá)300萬個(gè)。
13、 位于基因表達(dá)序列內(nèi)的SNP可能會(huì)影響蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)和表達(dá)水平,對(duì)分析基因與性狀的關(guān)系有重要意義。 SNP是單堿基突變,任何用于單堿基突變的技術(shù)都可用于SNP檢測,如RFLP、DNA序列分析、單鏈構(gòu)象多態(tài)性(SSCP)等。最先進(jìn)的是微數(shù)列矩陣DNA芯片(DNA chip)技術(shù)。,21,,三、分子遺傳標(biāo)記的應(yīng)用 ○個(gè)體及親緣關(guān)系的鑒定 DNA指紋 ○遺傳資源的評(píng)估、監(jiān)測、保護(hù)和利用 ○基因定位和遺傳圖譜的
14、構(gòu)建 ○標(biāo)記輔助選擇,22,,第二節(jié) 基因組作圖 一、基本概念 ○ 基因組作圖主要分兩個(gè)范疇:遺傳作圖(genetics mapping)和物理作圖(physical mapping)。 ○ 作圖需要界標(biāo)(landmark)或遺傳標(biāo)記(genetics marker)。常用的遺傳標(biāo)記(血型、蛋白質(zhì)多態(tài)型、等位基因、特定的DNA序列等)在早期構(gòu)建遺傳圖時(shí)常用作制圖的界標(biāo)?,F(xiàn)在主
15、要采用以下的界標(biāo): 限制性片段長度多態(tài)性(RFLP) 微衛(wèi)星DNA多態(tài)性界標(biāo) 單核苷酸多態(tài)性(SNP)界標(biāo) 非多態(tài)的短單一序列作為界標(biāo),23,,二、遺傳圖 (一)基本概念 應(yīng)用遺傳學(xué)技術(shù)構(gòu)建能顯示基因以及其它序列特征在基因組上位置的圖。 方法是以多態(tài)的遺傳標(biāo)記作為界標(biāo),計(jì)算細(xì)胞減數(shù)分裂過程中遺傳標(biāo)記之間發(fā)生重組的頻率,來確定兩個(gè)遺傳標(biāo)記在染色體上的相對(duì)位置。 遺傳標(biāo)
16、記之間的相對(duì)距離即圖距以厘摩(cM,厘摩爾根,centi-Morgan)為單位。當(dāng)兩個(gè)遺傳標(biāo)記之間的重組值為1%時(shí),圖距即為1cM。,24,經(jīng)典遺傳圖的作圖最常用的是三點(diǎn)測交法。 現(xiàn)代遺傳圖的概念是于1980年提出的,就是將單純的表型多態(tài)性界標(biāo)改變?yōu)橐訢NA序列的多態(tài)作為作圖界標(biāo)。 各種遺傳界標(biāo)可在國際互聯(lián)網(wǎng)上可以查閱(http://www.gdb.org)。 當(dāng)用DNA序列多態(tài)作為界標(biāo)的遺傳圖時(shí),一但確定
17、該DNA界標(biāo)與某一基因的具體位置,便可分離克隆這個(gè)基因。 人類第一張以RFLP為界標(biāo)的遺傳圖發(fā)表于1987年。,25,,(二)遺傳圖的局限性 分辨率有限 高等真核生物子代數(shù)量有限,只有少數(shù)的減數(shù)分裂事件可供研究,連鎖分析的分辨率受很大限制 人類基因組測序要求每100kb有一個(gè)標(biāo)記,1996年發(fā)表的人類遺傳圖達(dá)到每0.6Mb一個(gè)標(biāo)記(1Mb=1000kb) 精確度較低 假設(shè)交換是隨機(jī)發(fā)生的,但由于交換熱點(diǎn)
18、的存在使某一區(qū)段的交換頻率遠(yuǎn)高于其它區(qū)段,無法繪制精確的遺傳圖。,26,,三、物理圖(一)基本概念 應(yīng)用分子生物學(xué)技術(shù)來直接分析DNA分子,從而構(gòu)建能顯示包括基因在內(nèi)的序列特征的位置圖。 以特定的DNA序列為界標(biāo)直接排列在基因組DNA分子上,這些特定的DNA序列可以是多態(tài)的(如RFLP),但主要是非多態(tài)的(如STS、STR、EST)和特定的基因序列等。 物理圖中界標(biāo)之間的距離單位依作圖方法而定,輻射育種作
19、圖單位為厘鐳(cR),限制性作圖單位元以物理長度,即堿基對(duì)數(shù)目(bp、kb)來表示。,27,,(二)作圖的基本方法 1.限制性作圖——將限制性酶切位點(diǎn)標(biāo)定在DNA分子的相對(duì)位置上。 限制性內(nèi)切酶有Ⅰ型、Ⅱ型、Ⅲ型,Ⅰ型、Ⅲ型酶位點(diǎn)特殊性不強(qiáng),Ⅱ型專一性很強(qiáng)。 6 bp識(shí)別序列的限制性內(nèi)切酶適用于50 kb以下的DNA分子作圖。 限制性作圖方法是:比較一個(gè)DNA分子被兩種酶切割產(chǎn)生的兩套片段。,2
20、8,圖7-16 限制性內(nèi)切酶,29,,3.序列標(biāo)記位點(diǎn)(sequence tagged site, STS)作圖——通過PCR或分子雜交將小段DNA順序定位在基因組的DNA區(qū)段中。是目前用于構(gòu)建最為詳盡的大基因組物理圖的主流技術(shù)。 ○ STS作圖原理 STS是一段短的DNA序列(100—500)bp,每個(gè)基因組只有一個(gè)拷貝。 當(dāng)兩個(gè)片段含有同一STS時(shí),可確認(rèn)這兩個(gè)片段重疊。 兩個(gè)不同的ST
21、S出現(xiàn)在同一片段的機(jī)會(huì)取決于它們?cè)诨蚪M中的位置,彼此接近,同時(shí)出現(xiàn)在同一片段的機(jī)會(huì)就大,反之則小。 兩個(gè)標(biāo)記間的圖距根據(jù)分離頻率來計(jì)算。,30,○ STS 的種類 ⑴ 表達(dá)序列標(biāo)記(expressed sequence tag, EST),是從cDNA克隆中獲得的短序列。EST是獲得基因序列的簡捷方法。 ⑵ 簡單序列長度多態(tài)性(SSLP,小衛(wèi)星和微衛(wèi)星)。 ⑶ 隨機(jī)基因組序列,從克隆的基因組DNA
22、中隨機(jī)測序獲得。,31,,第三節(jié) 基因定位方法 動(dòng)物有幾十條染色體,有幾萬個(gè)基因,平均每條染色體有上千個(gè)基因。 確定基因在哪一條染色體的哪一個(gè)座位上就是基因定位。 將定位的基因標(biāo)注在染色體上就可得到基因圖(gene map) 基因定位與基因組作圖和基因克隆關(guān)系密切:基因定位后可以作為一個(gè)界標(biāo);確定基因的位置后就可按圖去分離克隆基因 不同生物的基因定位方法不完全相
23、同。 基因定位的方法隨著遺傳學(xué)的發(fā)展而進(jìn)步。,32,一、質(zhì)量性狀的基因定位 質(zhì)量性狀——從表型上可以明顯區(qū)分為不同類型的性狀。 (一)家系分析定位法 性連鎖分析是最常用的方法。哺乳動(dòng)物中只出現(xiàn)在雄性的性狀,控制該性狀的基因在Y染色體上。性狀出現(xiàn)隔代交叉遺傳、且雄性出現(xiàn)比例高于雌性,則控制該性狀的基因在Y染色體上。 (二)遺傳重組值定位法 摩爾根提出的方法,根據(jù)基因間的重
24、組值與遺傳距離成正比的原理,采用兩點(diǎn)測交和三點(diǎn)測交的方法進(jìn)行基因定位。,33,,(三)體細(xì)胞雜交定位法 不同物種細(xì)胞融合后,雜種細(xì)胞會(huì)出現(xiàn)排除某一親本染色體的現(xiàn)象,在人鼠雜種細(xì)胞常專一性地排除人的染色體。可以制備含一條(或少數(shù)幾條)人染色體的雜種細(xì)胞。 ○ 定位測驗(yàn)法 鑒別雜種細(xì)胞中保留了哪些人染色體,測定雜種細(xì)胞產(chǎn)生了哪些基因產(chǎn)物,經(jīng)分析可將基因定位在哪一條染色體上。,34,(四)原位雜交定位 將待定位
25、基因的特定DNA序列或該基因轉(zhuǎn)錄的RNA作為探針,在標(biāo)記了放射性同位素或非放射性化學(xué)物質(zhì)后,與變性后的染色體DNA雜交,該探針就會(huì)同染色體DNA與其互補(bǔ)的序列結(jié)合成為雙鏈,通過放射自顯影或顯色技術(shù),就可確定探針(即待定基因)在染色體上的位置。,35,二、數(shù)量性狀的基因定位 ○ 數(shù)量性狀——由微效多基因控制的呈連續(xù)變異的性狀。由于每個(gè)基因效應(yīng)值都較小,無法闡明單個(gè)基因的行為和效應(yīng),只能當(dāng)作一個(gè)整體來分析。同時(shí),對(duì)控制數(shù)量性狀的基
26、因數(shù)目不能準(zhǔn)確估計(jì),不能用提供基因的實(shí)際位置和功能上的信息。 隨著分子數(shù)量遺傳學(xué)的發(fā)展,極大地深化了數(shù)量遺傳學(xué)的理倫,提供了在DNA水平研究數(shù)量性狀的先進(jìn)技術(shù)。,36,,○ 主效基因——對(duì)某一數(shù)量性狀具有很大的效應(yīng)的等位基因。由于自發(fā)或誘發(fā)突變引起明顯的形態(tài)學(xué)上的變異。如豬的氟烷基因、牛的雙肌基因等。 ○ 數(shù)量性狀基因位點(diǎn)(QTL) 具有相同或相關(guān)功能的基因往往分布在某一染色體區(qū)域內(nèi),從而形成基因群。
27、控制同一性狀的微效基因可能存在于有限的幾個(gè)基因群內(nèi),而一基因群占據(jù)染色體的一定區(qū)域,稱作數(shù)量性狀基因座(quantitative trait locus,QTL),37,,一些QTL可以對(duì)數(shù)量性狀有較大的影響(對(duì)數(shù)量性狀的影響超過表型值方差的5%),因而具有選擇價(jià)值 一個(gè)數(shù)量性狀往往受多個(gè)QTL的影響,這些QTL分布在基因組的不同位置上。利用特定的遺傳標(biāo)記可以確定影響某一性狀的QTL在染色體上的數(shù)目、位置及其遺傳效應(yīng),這就是Q
28、TL作圖或稱QTL定位 QTL作圖原理:利用特定遺傳分離群體中的遺傳標(biāo)記及相應(yīng)的數(shù)量性狀觀察值,分析遺傳標(biāo)記與性狀之間的連鎖關(guān)系。如果證明遺傳標(biāo)記與性狀連鎖,則可認(rèn)定標(biāo)記附近存在一個(gè)或幾個(gè)QTL,38,,QTL作圖步驟: ⑴ 構(gòu)建作圖群體——該群體待測的數(shù)量性狀存在廣泛變異,如F2群體 ⑵ 選用合適的遺傳標(biāo)記——須具備4個(gè)特征:數(shù)量豐富,多態(tài)性好,中性,共顯性。如RFLP、AFLP、RAPD、VNTR、SSR等
29、 ⑶ 測定標(biāo)記的基因型,制作標(biāo)記的遺傳圖譜 ——應(yīng)含有P1,P2和雜合型三種帶型(即三種基因型)。 ⑷ 測量數(shù)量性狀——測定遺傳標(biāo)記時(shí),測定其數(shù)量性狀值 ⑸ 統(tǒng)計(jì)分析——單標(biāo)記分析、雙分子標(biāo)記分析、多分子標(biāo)記分析。,39,定位QTL主要有兩種方法: 基因組掃描——利用遺傳上差異較大的品種進(jìn)行雜交,跟蹤性狀和染色體上的標(biāo)記在多世代家系中的分離情況。 候選基因法——不需特定品種的雜交,
30、只要發(fā)現(xiàn)一個(gè)候選基因位點(diǎn)上存在多態(tài)性,便可直接在商業(yè)品系中研究該多態(tài)性與目標(biāo)性狀之間的相關(guān)性。,40,,QTL的性質(zhì) ⑴ QTL可能是一個(gè)基因,也可能是幾個(gè)基因; ⑵ 數(shù)量性狀受為數(shù)不多、效應(yīng)不等的幾個(gè)QTL影響。少數(shù)位點(diǎn)對(duì)性狀變異貢獻(xiàn)很大 ⑶ 由于不同群體的遺傳背景不同,根據(jù)不同群體確定的QTL會(huì)有差異 ⑷ 統(tǒng)計(jì)分析確定的QTL的位置并非物理上的位置,41,,QTL的應(yīng)用 ⑴ 由QTL得到的遺傳圖可進(jìn)一步
31、換算成物理圖,對(duì)QTL進(jìn)行克隆和序列分析,研究控制數(shù)量性狀的基因結(jié)構(gòu)和功能。 ⑵ 在育種上進(jìn)行標(biāo)記輔助選擇,利用標(biāo)記與性狀的連鎖提早進(jìn)行識(shí)別和選擇。 ⑶ 利用標(biāo)記與性狀的連鎖分析,可以提供與雜種優(yōu)勢有關(guān)的信息,鑒定與優(yōu)勢有關(guān)的位點(diǎn),確定親本在QTL上的差異,可能預(yù)測雜種優(yōu)勢。,42,,第四節(jié) 動(dòng)物基因組學(xué) 一、基因組研究的新學(xué)科 基因組學(xué)(genomics)——研究基因組結(jié)構(gòu)與
32、功能的分支學(xué)科,又分為結(jié)構(gòu)基因組學(xué)和功能基因組學(xué)。 轉(zhuǎn)錄物組學(xué)(transcriptomics)——研究某一時(shí)刻某一細(xì)胞里基因組產(chǎn)生的全部轉(zhuǎn)錄物的種類、結(jié)構(gòu)和功能。 蛋白質(zhì)組學(xué)(proteomics)—— 研究細(xì)胞內(nèi)全部蛋白質(zhì)的組成及其活動(dòng)規(guī)律的學(xué)科。 表型組學(xué)(phenomics)——研究生物體整個(gè)表型形成的機(jī)制。,43,二、人類基因組計(jì)劃 ○ 美國于1990年由能源部和國立衛(wèi)生研究院起動(dòng)了預(yù)算
33、耗時(shí)15年、經(jīng)費(fèi)30億美元的人類基因組計(jì)劃 ○ 2001年2月15日,由中、美、英、法、德、日等6國科學(xué)家組成的“人類基因組測序國際協(xié)作組”,在《自然》雜志上發(fā)表了關(guān)于人類基因組框架圖的數(shù)據(jù);次日,美國Celera Genomics公司的也公布了人類基因組框架圖的數(shù)據(jù)。有關(guān)人類遺傳本性的“生命之書”的誕生,是生命科學(xué)發(fā)展史上的一個(gè)重要里程碑。,44,,○ 人類基因組計(jì)劃的主要內(nèi)容 ⑴ 基因組作圖——繪制遺傳圖,物理圖
34、。 ⑵ 測序——測定全基因組DNA分子的核苷酸序列,繪制序列圖。 ⑶ 基因識(shí)別——識(shí)別出基因序列,設(shè)法克隆基因,研究基因功能。 ⑷ 模式生物研究——大腸桿菌、酵母菌、線蟲、果蠅、小鼠等。 ⑸ 發(fā)展生物信息學(xué)和計(jì)算生物學(xué) ⑹ 基因組對(duì)倫理、法律和社會(huì)產(chǎn)生的影響,45,,三、動(dòng)物基因組計(jì)劃及其應(yīng)用前景 先后開展豬、牛、綿羊、雞等動(dòng)物的基因組研究,目標(biāo)大致相同。 ○ 豬基因組
35、計(jì)劃的目標(biāo) 構(gòu)建遺傳圖——復(fù)蓋基因組90%以上,標(biāo)記間距20cM左右的遺傳圖; 構(gòu)建標(biāo)記位點(diǎn)——每條染色體臂至少一個(gè)遠(yuǎn)端和近端的標(biāo)記; · 開發(fā)豬染色體激光流動(dòng)分型技術(shù); · 開發(fā)快速測定多態(tài)分子的PCR技術(shù); · 開發(fā)和評(píng)估用于分析QTL作圖試驗(yàn)數(shù)據(jù)的統(tǒng)計(jì)方法……,46,,○ 應(yīng)用前景 · 基因診斷——檢測基因型,區(qū)分顯性純合體和
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