Ⅰ型鴨肝炎病毒VFY株與NFY株基因全序列測(cè)定及分析.pdf

1、Ⅰ型鴨病毒性肝炎是由Ⅰ型鴨病毒性肝炎病毒(duck hepatitis virus serotypeⅠ，DHV-Ⅰ)引起的雛鴨的一種急性高度致死性傳染病，主要侵害3周齡以內(nèi)的雛鴨，特別是不足1周齡的雛鴨最易感染，死亡率可達(dá)90％以上，是危害養(yǎng)鴨業(yè)最為嚴(yán)重的傳染病之一。1945年在美國(guó)首次發(fā)現(xiàn)該病，我國(guó)于1963年在上海首次報(bào)道了該病的臨床病例，并于1980年首次分離到病毒。至今，全國(guó)各養(yǎng)鴨地區(qū)均有不同程度的發(fā)生和流行。因此，對(duì)該病及病原

2、進(jìn)行研究具有重要的意義。 本試驗(yàn)以實(shí)驗(yàn)室保存的Ⅰ型鴨病毒性肝炎病毒福建地區(qū)分離毒株為研究材料，開展病毒全基因序列的克隆測(cè)序、序列分析、生物學(xué)特性預(yù)測(cè)等幾個(gè)方面的研究。 1.根據(jù)GenBank中Ⅰ型鴨病毒性肝炎病毒的基因序列，設(shè)計(jì)合成了8對(duì)特異性引物，以實(shí)驗(yàn)室分離鑒定并保存的兩株福州地區(qū)分離的Ⅰ型鴨病毒性肝炎病毒VFY株和NFY株的核酸為模板進(jìn)行RT-PCR擴(kuò)增，得到預(yù)期大小的目的片段，對(duì)其進(jìn)行剪切和拼接，進(jìn)而得到完整的病

3、毒基因組序列。 2.對(duì)DHV-Ⅰ全基因序列開放閱讀框(ORF)編碼的多聚蛋白的功能性位點(diǎn)、二級(jí)結(jié)構(gòu)進(jìn)行了預(yù)測(cè)和分析。對(duì)功能性位點(diǎn)的預(yù)測(cè)結(jié)果表明，該多聚蛋白多肽鏈上有11個(gè)N-糖基化位點(diǎn)、26個(gè)蛋白激酶C磷酸化位點(diǎn)、38個(gè)酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位點(diǎn)、32個(gè)N-酰基化位點(diǎn)、4個(gè)依賴cAMP和cGMP的蛋白激酶磷酸化位點(diǎn)及2個(gè)酪氨酸激酶磷酸化位點(diǎn)。二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)表明，該多聚蛋白多肽鏈含27.70％的α螺旋結(jié)構(gòu)，23.39％的β折疊結(jié)構(gòu)，48

4、.91％的Loop或其他結(jié)構(gòu)；含有兩個(gè)跨膜區(qū)域，分別位于第1066-1083位和1556-1573位。 3.對(duì)DHV-Ⅰ基因測(cè)序結(jié)果分析表明：DHV-Ⅰ VFY和NFY兩株病毒基因的核苷酸序列與GDZJ株、03D株、A66株、JX株、C80株的相似性分別為97.6％/97.7％、96.9％/97.0％、95.4％/95.4％、95.3％/95.4％、95.4％/95.596；氨基酸相似性分別為98.4％/98.4％、98.2％/

5、98.2％、97.5％/97.5％、97.5％/97.5％、97.6％/97.6％。VFY和NFY兩株病毒基因的核苷酸序列與氨基酸序列的相似性分別為99.5％和98.9％?；蜻M(jìn)化樹分析可知VFY和NFY株處于同一分支，親緣關(guān)系最近；VFY株及NFY株與GDZJ株、03D株、C80株、A66株、JX株親緣關(guān)系較近，處于同一小分支內(nèi)。DHV-IVFY株和NFY株與國(guó)內(nèi)的DHV-Ⅰ各毒株基因的核苷酸和氨基酸的同源性都比較高，具有不同程度的親