基于日本晴遺傳背景的普通野生稻全基因組單片段替換系庫(kù)的初步構(gòu)建.pdf

1、普通野生稻(OryzarufipogonGriff.)是我國(guó)重要的作物野生資源。為了開(kāi)展普通野生稻功能基因組學(xué)研究，本研究以測(cè)序粳稻日本晴(O.sativaL.subsp,japonica)為受體和輪回親本，以兩份多態(tài)性較好、具有高度代表性的廣西普通野生稻核心種質(zhì)DP15和DP30為供體，通過(guò)連續(xù)回交和SSR(Simple sequence repeats)標(biāo)記輔助選擇的方法構(gòu)建普通野生稻單片段替換系群體(Single segment

2、substitution lines，SSSLs)。用覆蓋水稻全基因組的563對(duì)SSR引物檢測(cè)供體(DPI5和DP30)和受體（日本晴），從中挑選出212對(duì)分布在水稻12條染色體上的多態(tài)性引物跟蹤供體的基因型。研究結(jié)果表明：在BC3FI代分別獲得了79個(gè)和82個(gè)替換片段，這些片段基本上能相互重疊并覆蓋水稻12條染色體。其中1號(hào)染色體含有的替換片段數(shù)最多，共為18個(gè)，10號(hào)染色體含有的替換片段數(shù)最少，共為10個(gè)。這161個(gè)替換片段中最長(zhǎng)的

3、為140.35cM，最短的為8.6cM，平均長(zhǎng)55.3cM，總替換長(zhǎng)度為8904.07cM，是水稻整個(gè)染色體組長(zhǎng)度的4倍多，總覆蓋長(zhǎng)度為1732.06cM，覆蓋野生稻全基因組達(dá)98.89％。隨機(jī)選取其中的12個(gè)替換片段株系用96個(gè)多態(tài)性引物檢測(cè)其遺傳背景，發(fā)現(xiàn)供體DNA殘留率在2.0-15.6％之間。本研究將繼續(xù)通過(guò)回交和標(biāo)記輔助選擇，最終獲得一整套覆蓋普通野生稻全基因組的SSSL庫(kù)。這樣的SSSL庫(kù)可以作為一個(gè)較高層次的材料平臺(tái)，對(duì)稻