枳根生長cDNA文庫的構(gòu)建及生物信息學(xué)研究.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、枳是我國柑橘產(chǎn)業(yè)最主要的砧木品種,具有耐寒、抗多種病害等優(yōu)良特性。為了解枳根中基因的總體表達(dá)狀況及發(fā)掘枳優(yōu)良基因,本文構(gòu)建了枳根的cDNA全長文庫,并對得到的EST片段進(jìn)行測序和生物信息學(xué)分析,得到如下研究結(jié)果:
　　 1.以TRIZOL法提取枳根總RNA,經(jīng)反轉(zhuǎn)錄和LD-PCR合成雙鏈cDNA,隨后用內(nèi)切酶SfiⅠ進(jìn)行酶切,通過CHROMASPIN-400柱去除小于500bp的片段,將長片段混合物與載體pDNR-LIB連接,最

2、后用熱激法轉(zhuǎn)化大腸桿菌JM109,從而構(gòu)建了枳根的全長cDNA文庫。經(jīng)檢測,該文庫的重組率為95％,原始文庫容量為1.08×106pfu·mL-1。
　　 2.從枳根的cDNA全長文庫中隨機(jī)選取400個克隆進(jìn)行測序,得到有效長度大于150bp的ESTs序列386條,ESTs序列平均長度為560bp,有效序列長度跨度從150bp至1571bp。通過BioEdit軟件對獲得的386條EST序列進(jìn)行拼接,獲得178個獨(dú)立基因(Unig

3、enes),其中包括43個Contigs和135個Singlets。
　　 3.對UniGenes進(jìn)行同源搜索,發(fā)現(xiàn)125個UniGenes在GeneBank中有同源序列,占70.3％;53個基因未發(fā)現(xiàn)同源序列,占29.7％。功能注釋顯示15％的UniGenes與生物或非生物應(yīng)激反應(yīng)相關(guān)。
　　 4.對獲得的178個UniGenes進(jìn)行ORF Finder分析,結(jié)果有36個UniGenes具有完整開放閱讀框(ORF),占

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