生物信息學(xué)復(fù)習(xí)題

1、名詞解釋名詞解釋1..生物信息學(xué)生物信息學(xué):是研究生物信息的采集、處理、存儲(chǔ)、傳播，分析和解釋等各方面的學(xué)科，也是隨著生命科學(xué)和計(jì)算機(jī)科學(xué)的迅猛發(fā)展，生命科學(xué)和計(jì)算機(jī)科學(xué)相結(jié)合形成的一門新學(xué)科。2.2.二級(jí)數(shù)據(jù)庫二級(jí)數(shù)據(jù)庫：在一級(jí)數(shù)據(jù)庫、實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)和理論分析的基礎(chǔ)上針對(duì)特定目標(biāo)衍生而來，是對(duì)生物學(xué)知識(shí)和信息的進(jìn)一步的整理。3.FASTAFASTA序列格式序列格式：是將DNA或者蛋白質(zhì)序列表示為一個(gè)帶有一些標(biāo)記的核苷酸或者氨基酸字符串，大于

2、號(hào)（）表示一個(gè)新文件的開始，其他無特殊要求。4.genbankgenbank序列格式序列格式：是GenBank數(shù)據(jù)庫的基本信息單位，是最為廣泛的生物信息學(xué)序列格式之一。該文件格式按域劃分為4個(gè)部分：第一部分包含整個(gè)記錄的信息（描述符）；第二部分包含注釋；第三部分是引文區(qū)，提供了這個(gè)記錄的科學(xué)依據(jù)；第四部分是核苷酸序列本身，以“”結(jié)尾。5.EntrezEntrez檢索系統(tǒng)檢索系統(tǒng)：是NCBI開發(fā)的核心檢索系統(tǒng)，集成了NCBI的各種數(shù)據(jù)庫，

3、具有鏈接的數(shù)據(jù)庫多，使用方便，能夠進(jìn)行交叉索引等特點(diǎn)。6.BLASTBLAST：基本局部比對(duì)搜索工具，用于相似性搜索的工具，對(duì)需要進(jìn)行檢索的序列與數(shù)據(jù)庫中的每個(gè)序列做相似性比較。P947.查詢序列（查詢序列（queryquerysequencesequence）：也稱被檢索序列，用來在數(shù)據(jù)庫中檢索并進(jìn)行相似性比較的序列。P988.打分矩陣（打分矩陣（scingscingmatrixmatrix）：在相似性檢索中對(duì)序列兩兩比對(duì)的質(zhì)量評(píng)估方

4、法。包括基于理論（如考慮核酸和氨基酸之間的類似性）和實(shí)際進(jìn)化距離（如PAM）兩類方法。P299.空位（空位（gapgap）：在序列比對(duì)時(shí)，由于序列長度不同，需要插入一個(gè)或幾個(gè)位點(diǎn)以取得最佳比對(duì)結(jié)果，這樣在其中一序列上產(chǎn)生中斷現(xiàn)象，這些中斷的位點(diǎn)稱為空位。P2910.空位罰分空位罰分：空位罰分是為了補(bǔ)償插入和缺失對(duì)序列相似性的影響，序列中的空位的引入不代表真正的進(jìn)化事件，所以要對(duì)其進(jìn)行罰分，空位罰分的多少直接影響對(duì)比的結(jié)果。P3711.E

5、.E值：衡量序列之間相似性是否顯著的期望值。12.低復(fù)雜度區(qū)域低復(fù)雜度區(qū)域：BLAST搜索的過濾選項(xiàng)。指序列中包含的重復(fù)度高的區(qū)域，如poly（A）。13.點(diǎn)矩陣（點(diǎn)矩陣（dotdotmatrixmatrix）：構(gòu)建一個(gè)二維矩陣，其X軸是一條序列，Y軸是另一個(gè)序列，然后在2個(gè)序列相同堿基的對(duì)應(yīng)位置（x，y）加點(diǎn)，如果兩條序列完全相同則會(huì)形成一條主對(duì)角線，如果兩條序列相似則會(huì)出現(xiàn)一條或者幾條直線；如果完全沒有相似性則不能連成直線。14.多

6、序列比對(duì)多序列比對(duì)：通過序列的相似性檢索得到許多相似性序列，將這些序列做一個(gè)總體的比對(duì)，以觀察它們在結(jié)構(gòu)上的異同，來回答大量的生物學(xué)問題。15.分子鐘分子鐘：認(rèn)為分子進(jìn)化速率是恒定的或者幾乎恒定的假說，從而可以通過分子進(jìn)化推斷出物種起源的時(shí)間。16.系統(tǒng)發(fā)育分析系統(tǒng)發(fā)育分析：通過一組相關(guān)的基因或者蛋白質(zhì)的多序列比對(duì)或其他性狀，可以研究推斷不同物種或基因之間的進(jìn)化關(guān)系。17.進(jìn)化樹的二歧分叉結(jié)構(gòu)進(jìn)化樹的二歧分叉結(jié)構(gòu)：指在進(jìn)化樹上任何一個(gè)分

7、支節(jié)點(diǎn)，一個(gè)父分支都只能被分成兩個(gè)子分支。系統(tǒng)發(fā)育圖：用枝長表示進(jìn)化時(shí)間的系統(tǒng)樹稱為系統(tǒng)發(fā)育圖，是引入時(shí)間概念的支序圖。18.直系同源直系同源：指由于物種形成事件來自一個(gè)共同祖先的不同物種中的同源序列，具有相似或不同的功能。（書：在缺乏任何基因復(fù)制證據(jù)的情況下，具有共同祖先和相同功能的同源39.PDB（ProteinDataBank）：PDB中收錄了大量通過實(shí)驗(yàn)（X射線晶體衍射，核磁共振NMR）測定的生物大分子的三維結(jié)構(gòu)，記錄有原子坐標(biāo)

8、、配基的化學(xué)結(jié)構(gòu)和晶體結(jié)構(gòu)的描述等。PDB數(shù)據(jù)庫的訪問號(hào)由一個(gè)數(shù)字和三個(gè)字母組成（如，4HHB），同時(shí)支持關(guān)鍵詞搜索，還可以FASTA程序進(jìn)行搜索。40.GenPept:是由GenBank中的DNA序列翻譯得到的蛋白質(zhì)序列。數(shù)據(jù)量很大，且隨核酸序列數(shù)據(jù)庫的更新而更新，但它們均是由核酸序列翻譯得到的序列，未經(jīng)試驗(yàn)證實(shí)，也沒有詳細(xì)的注釋。41.折疊子（折疊子（Fold）：在兩個(gè)或更多的蛋白質(zhì)中具有相似二級(jí)結(jié)構(gòu)的大區(qū)域，這些大區(qū)域具有特定的空

9、間取向。42.TrEMBL：是與SWISSPROT相關(guān)的一個(gè)數(shù)據(jù)庫。包含從EMBL核酸數(shù)據(jù)庫中根據(jù)編碼序列(CDS)翻譯而得到的蛋白質(zhì)序列，并且這些序列尚未集成到SWISSPROT數(shù)據(jù)庫中。43.MMDB(MolecularModelingDatabase)：是（NCBI）所開發(fā)的生物信息數(shù)據(jù)庫集成系統(tǒng)Entrez的一個(gè)部分，數(shù)據(jù)庫的內(nèi)容包括來自于實(shí)驗(yàn)的生物大分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)。與PDB相比，對(duì)于數(shù)據(jù)庫中的每一個(gè)生物大分子結(jié)構(gòu)，MMDB具有許

10、多附加的信息，如分子的生物學(xué)功能、產(chǎn)生功能的機(jī)制、分子的進(jìn)化歷史等，還提供生物大分子三維結(jié)構(gòu)模型顯示、結(jié)構(gòu)分析和結(jié)構(gòu)比較工具。44.SCOP數(shù)據(jù)數(shù)據(jù)庫：提供關(guān)于已知結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)之間結(jié)構(gòu)和進(jìn)化關(guān)系的詳細(xì)描述，包括蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫PDB中的所有條目。SCOP數(shù)據(jù)庫除了提供蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和進(jìn)化關(guān)系信息外，對(duì)于每一個(gè)蛋白質(zhì)還包括下述信息：到PDB的連接，序列，參考文獻(xiàn)，結(jié)構(gòu)的圖像等?？梢园唇Y(jié)構(gòu)和進(jìn)化關(guān)系對(duì)蛋白質(zhì)分類，分類結(jié)果是一個(gè)具有層次結(jié)構(gòu)的樹，

11、其主要的層次依次是類（class）、折疊子（fold）、超家族（superfamily）、家族（family）、單個(gè)PDB蛋白結(jié)構(gòu)記錄。45.PROSITE：是蛋白質(zhì)家族和結(jié)構(gòu)域數(shù)據(jù)庫，包含具有生物學(xué)意義的位點(diǎn)、模式、可幫助識(shí)別蛋白質(zhì)家族的統(tǒng)計(jì)特征。PROSITE中涉及的序列模式包括酶的催化位點(diǎn)、配體結(jié)合位點(diǎn)、與金屬離子結(jié)合的殘基、二硫鍵的半胱氨酸、與小分子或其它蛋白質(zhì)結(jié)合的區(qū)域等；PROSITE還包括根據(jù)多序列比對(duì)而構(gòu)建的序列統(tǒng)計(jì)特征

12、，能更敏感地發(fā)現(xiàn)一個(gè)序列是否具有相應(yīng)的特征。46.GeneOntology協(xié)會(huì)：編輯一組動(dòng)態(tài)的、可控的基因產(chǎn)物不同方面性質(zhì)的字匯的協(xié)會(huì)。從3個(gè)方面描述基因產(chǎn)物的性質(zhì)，即，分子功能，生物過程，細(xì)胞區(qū)室。47.表譜（PSSM）：指一張基于多序列比對(duì)的打分表，表示一個(gè)蛋白質(zhì)家族，可以用來搜索序列數(shù)據(jù)庫。48.蛋白質(zhì)組蛋白質(zhì)組p179：是指一個(gè)基因組中各個(gè)基因編碼產(chǎn)生的蛋白質(zhì)的總體，即一個(gè)基因組的全部蛋白產(chǎn)物及其表達(dá)情況。49.中心法則中心法則

13、是指遺傳信息從DNA傳遞給RNA，再從RNA傳遞給蛋白質(zhì)，即完成遺傳信息的轉(zhuǎn)錄和翻譯的過程。也可以從DNA傳遞給DNA，即完成DNA的復(fù)制過程。這是所有有細(xì)胞結(jié)構(gòu)的生物所遵循的法則。50.一級(jí)數(shù)據(jù)庫一級(jí)數(shù)據(jù)庫：數(shù)據(jù)庫中的數(shù)據(jù)直接來源于實(shí)驗(yàn)獲得的原始數(shù)據(jù)，只經(jīng)過簡單的歸類整理和注釋51.基因芯片基因芯片（genechip），又稱DNA微陣列（microarray），是由大量cDNA或寡核苷酸探針密集排列所形成的探針陣列，其工作的基本原理是