五種農(nóng)業(yè)害蟲微小RNA基因的生物信息學(xué)預(yù)測(cè)與分析.pdf

1、信使RNA（mRNA）由于編碼蛋白質(zhì)，在分子生物學(xué)研究中一直扮演主要的角色。但近十年來(lái)，microRNA、piRNA等一系列重要的非編碼小RNA基因的發(fā)現(xiàn)，開(kāi)啟了非編碼RNA研究的新時(shí)代。小RNA(small RNAs)基因是一類重要的非編碼RNA，主要包括微小RNA(microRNA，miRNA)、piRNA(piwi—associated RNA)、小干擾RNA(small interfering RNA，siRNA)和一些較長(zhǎng)的非

2、編碼RNA。其中，微小RNA基因的研究是重點(diǎn)和熱點(diǎn)。
　　 微小RNA是生物體內(nèi)一個(gè)重要的調(diào)節(jié)因子，廣泛地參與了生物體內(nèi)正常發(fā)育、細(xì)胞的分化以及凋亡、腫瘤形成和癌癥發(fā)生等生命過(guò)程。相對(duì)于哺乳動(dòng)物，農(nóng)業(yè)昆蟲微小RNA的研究則相對(duì)滯后。由于傳統(tǒng)的實(shí)驗(yàn)手段發(fā)現(xiàn)微小RNA費(fèi)時(shí)費(fèi)力，且受到諸多因素的限制，因此微小RNA基因的發(fā)現(xiàn)仍然十分重要。高通量測(cè)序技術(shù)的發(fā)展，為研究微小RNA提供了一個(gè)強(qiáng)有力的工具，使大規(guī)模的微小RNA發(fā)現(xiàn)成為可能。<

3、br>　　 本文對(duì)五個(gè)重要的農(nóng)業(yè)害蟲（三化螟、甜菜夜蛾、小菜蛾、褐飛虱、灰飛虱）進(jìn)行了高通量測(cè)序，通過(guò)整合比較基因組學(xué)和機(jī)器學(xué)習(xí)等生物信息學(xué)方法，結(jié)合參考基因組、轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，在缺乏本物種基因組序列的條件下，建立了一個(gè)綜合的預(yù)測(cè)微小RNA的生物信息學(xué)流程，通過(guò)3個(gè)途徑預(yù)測(cè)了農(nóng)業(yè)害蟲的微小RNA基因并進(jìn)行了靶標(biāo)預(yù)測(cè)分析。
　　 1、通過(guò)利用與miRBase數(shù)據(jù)進(jìn)行同源比對(duì)的方法，以家蠶、豌豆蚜為參考物種，發(fā)現(xiàn)188個(gè)保守的微小RN