LncRNA-基因調(diào)控關(guān)系的生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫構(gòu)建及分析預(yù)測.pdf

1、作為生物大分子的新成員，長非編碼RNA(lncRNA)在許多生物過程中發(fā)揮重要作用。隨著lncRNA研究不斷深入，lncRNA相關(guān)研究數(shù)據(jù)呈井噴之勢。為了更好地利用這些信息，生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫應(yīng)運(yùn)而生?，F(xiàn)有數(shù)據(jù)庫覆蓋了lncRNA結(jié)構(gòu)信息、表達(dá)信息以及相互作用信息，這些數(shù)據(jù)庫在lncRNA相關(guān)研究中起到重要作用。此外，這些數(shù)據(jù)庫還為利用機(jī)器學(xué)習(xí)方法進(jìn)行l(wèi)ncRNA相關(guān)預(yù)測提供了數(shù)據(jù)集。
　　隨著研究不斷深入，人們發(fā)現(xiàn)lncRNA在細(xì)

2、胞功能調(diào)控中發(fā)揮重要作用。但是目前還沒有系統(tǒng)收集lncRNA-基因調(diào)控關(guān)系的數(shù)據(jù)庫，使得獲取lncRNA調(diào)控信息十分不便。為了解決該問題，本文收集整理了實(shí)驗驗證的lncRNA-基因調(diào)控關(guān)系數(shù)據(jù)。具體而言，首先深入分析lncRNA-基因調(diào)控關(guān)系數(shù)據(jù)的特點(diǎn)，制定lncRNA-基因調(diào)控關(guān)系數(shù)據(jù)規(guī)范。通過摘要初篩以及全文分析，人工收集整理得到完整的lncRNA和基因調(diào)控關(guān)系信息。本文系統(tǒng)地整理了lncRNA功能研究領(lǐng)域的實(shí)驗研究成果，為利用生物

3、信息學(xué)方法預(yù)測lncRNA-基因調(diào)控關(guān)系提供了先驗數(shù)據(jù)。
　　為了存儲這些lncRNA-基因調(diào)控關(guān)系信息，本文還建立了名為LncReg的生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫(http://bioinformatics.ustc.edu.cn/lncreg/)。LncReg是專門設(shè)計用來存儲調(diào)控關(guān)系信息的數(shù)據(jù)庫，包含詳細(xì)調(diào)控關(guān)系和調(diào)控機(jī)制等綜合分類信息。與現(xiàn)有數(shù)據(jù)庫相比，LncReg在數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)方面更適合存儲lncRNA-基因調(diào)控關(guān)系，在數(shù)據(jù)集方面包含更

4、全面、詳細(xì)的調(diào)控信息。
　　基于LncReg收錄的調(diào)控關(guān)系數(shù)據(jù)，本文重建了lncRNA-基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，并對該網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)分析、基于KEGG信號通路的分析和基于Gene Ontobgy的功能分析等工作。拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)分析表明lncRNA-基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)符合典型生物網(wǎng)絡(luò)特征，功能分析表明lncRNA-基因調(diào)控關(guān)系集中分布在細(xì)胞周期、組織發(fā)育以及疾病發(fā)生等之中。
　　最后本文提出一種預(yù)測潛在lncRNA-基因調(diào)控關(guān)系的方法LRGP。該